La basilique de San Vittore, avec le clocher et le baptistère de San Giovanni, est le cœur religieux de Varèse.
L'édifice actuel est le résultat de différentes interventions qui se sont déroulées en trois moments successifs : d'abord le profond presbytère construit dans la première moitié du XVIe siècle ; ensuite la salle à trois nefs, qui a remplacé l'église précédente - peut-être romane - couronnée par le splendide tiburium, œuvre de Giuseppe Bernasconi, construit entre 1589 et 1625 ; enfin, la façade néoclassique construite entre 1788 et 1791 sur un projet de Leopoldo Pollack.
À l'intérieur, l'œil est attiré par le presbytère sur lequel se greffe l'abside polygonale, dont le tracé de matrice Bramante a été modifié par les interventions effectuées à partir de la seconde moitié du XVIIe siècle.
L'autel, un exemple remarquable du baroque lombard, a été conçu par l'architecte milanais Bartolomeo Bolla, et réalisé par les sculpteurs de Vigevano Buzzi entre 1734 et 1742 ; Elia Vincenzo Buzzi a sculpté les statues, sur un dessin de Pierantonio Magatti.
La nouvelle disposition du presbytère, selon les normes du Concile Vatican II, a été définitivement arrangée en 1991 avec la réalisation de l'autel, de l'ambon, du siège et de la croix astylaire offerte à la mémoire de Paul VI et réalisée sur le projet de Floriano Bodini. À côté de la basilique se dresse le clocher de 84 mètres de haut, conçu par Bernascone et achevé un siècle et demi plus tard ; selon la tradition, le côté sud présente des traces de boulets de canon lancés par les troupes autrichiennes en 1859 pour punir les habitants de Varèse d'avoir sonné les cloches lors de l'entrée victorieuse des troupes de Garibaldi. Un souvenir très ancien dans l'histoire de Varèse est le baptistère voisin : construit au milieu du XIIIe siècle, il contient un front baptismal sculpté par un maître de Campione et des fresques du XIVe siècle.