La chiesa rupestre dedicata alla Madonna delle Virtù fu realizzata intorno all'anno mille assieme all'annesso monastero che doveva ospitare il primo insediamento delle monache provenienti da Accon. Costituisce un esempio di architettura “in negativo” essendo stata interamente ricavata scavando all'interno della roccia calcarea. La chiesa ha un impianto a tre navate separate da colonne, al fondo di ognuna di esse si apre un'abside sulla cui volta a cupola è incisa una croce. Il soffitto è a schiena d'asino decorato da arcate a bassorilievo. L'abside della navata centrale è abbellita da un complesso pittorico settecentesco di notevole valore artistico che raffigura la Crocifissione con Madonna e San Giovanni. La maggiore modifica strutturale subita dalla chiesa risale al 1934 a causa della realizzazione della rete viaria dei Sassi, che determinò il rimaneggiamento di una navata laterale. Sopra di essa è collocato l'insediamento monastico di San Nicola dei Greci; realizzato intorno al X secolo, costituisce una delle cripte più antiche della città di Matera. Nel corso della sua storia ha subito sostanziali modifiche che rendono difficile coglierne gli elementi architettonici originari. La cripta è composta da due navate con altrettante absidi, ma l'elemento che la caratterizza è il complesso pittorico che ne decora le pareti: il catino absidale ospita un affresco realizzato nel Trecento rappresentante la Crocifissione con ai lati la Madonna e San Giovanni Battista; nella navata di sinistra vi è invece un trittico di Santi realizzato tra il XIII e il XIV secolo. Attualmente sia la chiesa della Madonna delle Virtù che la cripta di San Nicola dei Greci sono utilizzate come spazi espositivi per prestigiose mostre di arte contemporanea.
