La crypte de San Magno a été construite par l'évêque Pietro da Salerno en même temps que la cathédrale entre 1072 et 1104. Il devait servir de cercueil pour la préservation de tout ce qu'une cathédrale a de plus sacré : les reliques des saints. La salle comporte trois nefs transversales à celles de l'église supérieure et trois absides. Les douze colonnes identifient vingt-et-une voûtes qui, avec leurs murs respectifs, sont décorées par un cycle pictural d'une beauté exceptionnelle qui raconte l'histoire du Salut de l'homme, de sa création jusqu'à la fin des temps. Les fresques sont attribuées à trois ateliers d'artistes anonymes connus sous les noms de Premier Maître d'Anagni ou Maître de Traductions, Deuxième Maître d'Anagni ou Maître d'Ornatistes et Troisième Maître d'Anagni. Pour des raisons stylistiques et historiques, les fresques de la crypte sont datées entre la fin du XIIe siècle et la première moitié du XIIIe siècle.
