Francis-kirken, som nu er en monumental ruin uden tag, blev flyttet fra det indre af den tidligere Sankt Frans-kirke til underportikoen, hvor de blev samlet igen i 1659. Som den ser ud i dag, er portikoen imidlertid resultatet af en nygotisk ombygning, der blev afsluttet i 1850 af ingeniør Filippo Bandini. Graven for Paola Bianca Malatesti, Pandolfo III's første hustru, er udsmykket med statuetter, kragbånd, hængende buer og snoede søjler, der kroner billedet af den afdøde, der ligger på låget af den kunstfærdige sarkofag. Det er et autentisk mesterværk af sengotisk skulptur af venetiansk import, udført af Maestro Filippo di Domenico. Mere beskedent er Bonetto da Castelfrancos grav, som Sigismondo Malatesti bestilte for at opbevare sin trofaste læges jordiske rester. På den modsatte side af portalen ligger Pandolfo III Malatestis renæssancegravmæle, der er bestilt af hans søn Sigismondo, som efter al sandsynlighed overlod designet til Leon Battista Alberti. Under en nylig restaurering af hele det monumentale kompleks blev det mumificerede lig af Pandolfo III uventet fundet.
