Krypta pôvodného hriechu bola miestom uctievania benediktínskej jaskyne Lombardského obdobia. Je ozdobený cyklom fresiek datovaných medzi storočiami VIII a IX, nakresleným umelcom známym ako maliar kvetov Matery a vyjadrujúcim historické charakteristiky umenia Benediktín-Benevento. Ľavá stena je oživená tromi výklenkami, na ktorých sú zobrazené Triarchie apoštolov, Panny Márie a archanjelov. Zadná stena je na druhej strane oživená veľkým obrazovým cyklom zobrazujúcim epizódy stvorenia a prvotného hriechu.
