MEB-Ebreju muzejs Boloņā ir sadalīts trīs sadaļās: a) pastāvīgs muzejs, kas iezīmē seno ebreju vēsturi no senatnes līdz mūsdienu periodam, īpaši atsaucoties uz viņu klātbūtni Boloņā un Emīlijas-Romanjas reģionā; b) telpa pagaidu izstādēm, sanāksmēm, debatēm un izglītojošiem pasākumiem bērniem, tostarp 2001. gadā, bibliotēka; un C) dokumentācijas centrs, kurā ietilpst specializēta bibliotēka ar vairāk nekā 2000 apjomiem un datoru stacijas apmeklētājiem.