Un lloc de profund caràcter sagrat, la cripta va ser escollit pel de Sant Carles Borromeo, com a personal lloc de pregària, on va anar cada dimecres i divendres a la tarda. No era estrany veure'l passar tota la nit en el que ell mateix anomena "el gimnàs de l'Esperit Sant," en l'adoració del simulacre de Crist, la Tomba. Per aquest motiu, després de la seva canonització, una terracota policromada estàtua que representa a la Santa agenollada davant del sarcòfag es va col·locar.
La cripta també permet als visitants posar-se en contacte amb un dels testimonis més antics de la història de la ciutat. El paviment, format per grans lloses de pedra blanca 'de Verona', tracta, de fet, des de la pavimentació de l'antic Fòrum Romà del segle iv, la plaça principal de la civitas Romana, on la major civil i religiosa de les activitats va tenir lloc.
Va tornar a obrir al públic després de cinquanta anys en el 2016, posteriorment, a la cripta va ser objecte d'un complex de restauració operació finançada per MIBAC i va acabar a finals de la primavera de 2019, orientada principalment a la recuperació de la decoració de superfícies. Gràcies a la restauració, de fet, meravellós frescos i decoracions han ressorgit, com ornamental cicle amb estrelles de plantes i elements de les voltes del presbiteri, que daten de finals del segle xiii. Han estat restaurats, també els dos bella i intensa crucifixions (un a l'escala de baixar, la resta del segle xiv en el presbiteri), tres de peu figures de maria Magdalena, Joan Baptista i sant. Helena, mare de Constantí (o potser santa Caterina d'alessandria), El sopar a Casa de Simó en l'ala esquerra del presbiteri, els frescos de la Verge de Loreto i de La Verge i dels Sants, Rocco i Joan el Baptista en el vestíbul i l'estuc i la decoració del segle xvii a l'absis, representat amb els instruments de la passió.
