Un lugar de profunda santidade, a cripta foi escollido por San Carlos Borromeo como persoal lugar de oración, onde el pasou toda mércores e venres pola tarde. Non era inusual para velo pasar toda a noite en que el mesmo chama "o ximnasio do Espírito Santo," en adoración dos simulacrum de Cristo Tumba. Por esta razón, despois da súa canonización, unha terracota policromada estatua que representa a San axeonllado diante do sarcófago foi colocado.
A cripta tamén permite aos visitantes a entrar en contacto con un dos máis antigos testemuños na historia da cidade. A pavimentación, composta de grandes lousas de pedra branca 'de Verona', ven no feito de que a pavimentación do antigo Foro Romano do século iv, a praza principal da civitas Romana, onde os principais civil e relixiosa actividades tivo lugar.
Reabrir ao público despois de cincuenta anos en 2016, posteriormente, a cripta foi obxecto dunha complexa operación de restauración financiado por MIBAC e rematou a finais da primavera de 2019, destinadas, principalmente, a recuperación do decorado superficies. Grazas á restauración, en realidade, marabilloso frescos e decoración teñen rexurdiu, tales como a ornamental ciclo con estrelas e elementos vexetais nas bóvedas do presbiterio, que datan de finais do século xiii. Foron restaurados, tamén os dous fermosa e intensa crucifixions (un sobre a escala, saír, o outro do século xiv no presbiterio), tres en pé figuras de maría Magdalena, san Xoán Bautista e san. Helena, nai de Constantino (ou quizais santa Caterina d 'alessandria), A cea en Simon' s Casa na esquerda do presbiterio, os frescos da Virxe do Loreto e A Madonna e Santos Rocco e Xoán Bautista no adro e escaiola e decoración do século xvii, na ábsida, representado cos instrumentos da paixón.
