Archeologijos muziejus yra nepaprastame architektūriniame kontekste, buvęs San Maurizio pagrindinio vienuolyno vienuolynas, įkurtas aštuntajame amžiuje AD, kur senovės Milano istorija vis dar rodo savo pėdsakus. Teritoriją užėmė pirmojo A.pr. m. e. gyvenamas pastatas, sienos ir didysis Romos Cirkas, besiribojantys su III a. Pr. m. e. pabaigos imperatoriškaisiais rūmais, iš kurių išlikę nemaži palaikai.
Kolekcijos eksponuojamos skirtinguose kambariuose, priklausomai nuo priklausymo kultūros. Pirmame aukšte pro pirmąjį vienuolyną (Milanese kilmės architektūrinė apdaila) yra skyrius, skirtas senovės Milanui. Apsilankymas tęsiasi vidiniame vienuolyne ("Milanese society through the epigraphs"), kur galite aplankyti daugiakampį bokštą (III a.pabaigoje) su aukštais viduramžių freskomis (XIII a.).
Rūsyje galite aplankyti "Gandhara" meno skyrių ir "living in Mediolanum" skyrių. Iš vidinio muziejaus vienuolyno, palei pėsčiųjų taką, kuris kerta romėnų sienas, pasieksite via Nirone 7 pastatą, naują muziejaus išplėtimą. Pirmame aukšte, šalia konferencijų-mokymo patalpos, įrengtas kelias, skirtas senovinei muzikai (tylūs garsai. Milano Civic archeologijos muziejaus vaizdai ir Muzikos instrumentai). Pirmame aukšte yra aukštųjų Viduramžių sekcija, antrame - etruskų sekcija, O trečiame aukšte - graikų sekcija. Iš nedidelio kambario, esančio etruskų sekcijos apačioje, galite pažvelgti į du pagrindinio vienuolyno komplekso romėnų bokštus. Sienų daugiakampio bokšto viduje eksponuojama Mimmo Paladino Milano savivaldybei padovanota skulptūra. Egipto, Priešistorinės ir protohistorinės kolekcijos eksponuojamos Castello Sforzesco Visconti kambariuose.
