A Museo Lapidario Estense az első nyilvános múzeum, amelyet Modenában hoztak létre. Alapja az osztrák-Este Ferenc hercegnek köszönhető, aki 1828. március 31-én elrendelte születését a Modenese Lapidary Múzeum nevével. Olyan neves példák inspirálták, mint például a veronai Maffeiano Lapidary Múzeum (1738), vagy a vatikáni Chiaramonti Múzeum lapidary Galériája (1800-1823), de sajátos polgári hivatással, amelynek célja A város jeles múltjának dicsőítése a Mutina Római kolóniájaként való eredete óta.
A kezdeti mag néhány darabból állt, amelyeket a modenai Dózse-palotában már megőriztek, amelyeket az Este más antik gyűjteményekből szerzett, vagy Brescello és Novellara hercegi területeiről származó ásatási leletek. Kezdettől fogva, a polgárok, kezdve a képviselők a klérus és a nemesség, ígéretet tett, hogy adományoz anyagokat azok tulajdonságait, és finanszírozza a múzeum, amely egy pár év alatt jelentős növekedést, amely igazolja a két feliratok emlékét jótevői (1828 és 1830) még mindig megmarad. A tudományos katalógus megjelent 1830 első igazgatója, Carlo Malmusi, meghatározta azokat az elveket, amelyek inspirálták az intézmény: " szolgálni régészet ", " emlékére jeles ősök " és " hogy tanulmányozza a fejlődés a helyi szobrászat ". Amellett, hogy a leletek a római korban, sőt üdvözölte azonnal az emlékek arche temetkezési évszázadokon át, egészen a késő Tizenhetedik században, volt elhelyezve, a templomkertben a déli oldalon, a Katedrális, vagy más szent épületek Modena, valamint Reggio Emilia: a gyakorlatban felmerült még a korszak a protoumanistica alapján a Bologna közelében, annak emlékére, hogy azok a polgárok, akik kiváló fenti területen az törvény, valamint a gyógyszert.
Olaszország egyesítése után a Museo Lapidario új tereket szerzett Arsenio Crespellani irányítása alatt, egy új katalógus szerzője 1897-ben. Az utolsó muzeográfiai elrendezés az 1938-as Cesare Giorgi volt, amelyet a múlt század végi gondos helyreállítási munkával helyreállítottak.