El Museo Lapidario Estense es el primer museo público establecido en Módena. Su fundación se debe al duque Francisco IV de Austria-Este, que el 31 de marzo de 1828 decretó su nacimiento con el nombre de Museo Lapidario Modenese. Se inspiró en ejemplos ilustres como el Museo Lapidario Maffeiano de Verona (1738), o la Galería Lapidaria del Museo Chiaramonti del Vaticano (1800-1823), pero con una peculiar vocación cívica destinada a glorificar el ilustre pasado de la ciudad desde sus orígenes como colonia romana de Mutina.
El núcleo inicial estaba formado por algunas piezas ya conservadas en el Palacio Ducal de Módena, adquiridas por los Este de otras colecciones antiguas o como hallazgos de excavaciones en los territorios ducales de Brescello y Novellara. Desde el principio los ciudadanos, empezando por los representantes del clero y de la nobleza, se comprometieron a donar los materiales que les pertenecían y a financiar el museo, que en el espacio de un par de años sufrió una importante ampliación, certificada por los dos epígrafes conmemorativos de sus benefactores (de 1828 y 1830) que aún se conservan hoy en día. El catálogo científico publicado en 1830 por su primer director, Carlo Malmusi, estableció los principios rectores de la institución: "servir a la arqueología", "conmemorar a los antepasados ilustres" y "estudiar el progreso de la escultura local". Además de los hallazgos de la época romana, acogió inmediatamente los recuerdos y los arcos funerarios que durante siglos, hasta finales del siglo XVII, se habían colocado en el patio de la iglesia cerca del lado sur de la catedral o en otros edificios sagrados de Módena y Reggio Emilia: una práctica que ya había surgido en tiempos protohumanos, en la cercana Bolonia, en memoria de aquellos ciudadanos que se habían distinguido principalmente en el campo del derecho y la medicina.
Después de la Unificación de Italia el Museo Lapidario adquirió nuevos espacios bajo la dirección de Arsenio Crespellani, autor de un nuevo catálogo en 1897. El último orden museográfico fue el de Cesare Giorgi en 1938, recuperado con el cuidadoso trabajo de restauración de finales del siglo pasado.