Muzej Lapidario Estense prvi je državni muzej osnovan u Modeni. Njegov temelj pripada vojvodi Francesco IV austrijskom-este, koji je 31. ožujka 1828. odlučio o rođenju pod nazivom Lapidario Museo Modenese. On je inspirirao poznate primjere kao što su Muzej Lapidarij Maffei u Veroni (1738), ili galerija Granila u Muzeju Chiaramonti u Vatikanu (1800-1823), ali s upečatljivim pozivom, građanski napeti slaviti slavnu prošlost grada, u rasponu od svojih početaka, kao što je rimska kolonija Mutina.
Jezgra se sastojala od nekoliko dijelova koji su već pohranjeni u Palazzo Ducale di Modena, izvedeni iz este iz drugih zbirki, antikviteta ili kao eksponati iskopavanja s teritorija Vojvodstva Brescella i Novellare. Već građani, u rasponu od predstavnika svećenstva i plemstva, oni su se obvezali donirati materijale, njihova svojstva i financirati muzej, koji je već nekoliko godina zabilježio značajnu ekspanziju, certifikat, od dva epigrafova sjećanju svojih dobročinitelja (u 1828 i 1830-ih) još uvijek su sačuvani. Katalog znanstveno objavljen 1830. godine od strane svog prvog direktora, Carlo Malmö, gledao osnovna načela institucije: "kako bi se služiti u arheologiji", " U spomen na zasluženi predaka" i "kako bi se proučio napredak skulpture lokalne ". Uz izložbe rimskog doba, on je zapravo uzeo svoje uspomene odjednom i lukove, pokopan da je tijekom stoljeća, sve do kraja sedamnaestog stoljeća, bili su smješteni na groblju na južnoj strani katedrale ili u drugim svetim zgradama u Modeni i Reggio Emilia: praksa vrsta, već u doba protoumanistica, na pratnju u blizini Bologne, u spomen na one građane koji su identificirani prije svega u području prava i medicine.
Nakon ujedinjenja Italije, Muzej Lapidario stekao je nove prostore pod vodstvom Arsenia Crespellani, autora novog kataloga 1897.godine. Posljednji muzejski kupac bio je Cesare Georgie iz 1938. godine, obnovljen temeljitim restauratorskim djelima krajem prošlog stoljeća.