Entre 1215 et 1240, la forteresse devient une ville fortifiée. La bulle du pape Innocent IV du 6 décembre 1247 a conduit à la création de la première paroisse indépendante de la Turbie et a autorisé la construction d'une église en l'honneur de Saint Nicolas, patron des marins. La construction s'est terminée en 1321. L'église se trouvait au transept de la cathédrale actuelle. Le cimetière paroissial était situé dans l'espace occupé plus tard par la nef. Au cours des XVe, XVIe et XVIIe siècles, huit chapelles ont été construites dans les nefs latérales. En 1868, le territoire de la Principauté de Monaco a été séparé du diocèse de Nice. Il a alors été décidé de démolir l'église Saint-Nicolas, qui s'enorgueillissait de six siècles d'histoire, pour construire la cathédrale actuelle. Le 6 janvier 1875, le prince Charles III a posé la première pierre du monument actuel, dédié à Notre-Dame de l'Immaculée Conception. Saint Nicolas et Saint Benoît sont les patrons secondaires. La consécration de la cathédrale a eu lieu le 11 juin 1911. Les Grands Organes, situés sur le chœur surplombant le narthex, datent de 1976 et sont l'œuvre de Jean-Loup Boisseau en collaboration avec Pierre Cochereau et le chanoine Henri Carol. Les travaux de reconstruction du Grand Orgue ont été confiés à la manufacture d'orgues Thomas (Belgique) et après 2 ans de travaux, Monaco dispose depuis décembre 2011 d'un instrument unique d'un point de vue architectural et musical. Au-delà des rendez-vous liturgiques, auxquels on assiste toujours, la renommée de la Cathédrale Notre-Dame-Immaculée de Monaco est liée à la présence des princes défunts. En particulier, Rainier III et son épouse Grace Kelly, dont l'histoire d'amour, au milieu des années 1950 du siècle dernier, et qui a culminé avec le mariage célébré dans la cathédrale elle-même, a enflammé les magazines du monde entier.
