Die Geschichte der Kirche Santa Maria la Nova ist mit den ersten klösterlichen Bewegungen verbunden. Die erste franziskanische Gemeinschaft in Neapel (1216) ließ sich auf den Ruinen einer römischen Villa nieder und gründete Santa Maria ad Palatium an der Stelle, an der später das Castel Nuovo entstehen sollte. Als Carius I. von Anjou das Gebiet konfiszierte und den Franziskanern ein anderes Stück Land für den Bau des neuen Klosters überließ, wurde der heutige Standort errichtet und erhielt den Namen Santa Maria La Nova (1279).
Das heutige Aussehen des Gebäudes stammt aus dem 16. Jahrhundert und wurde von Giovanni Cola di Franco (1596-1599) umgebaut. Der Innenraum, der zu verschiedenen Zeiten bereichert wurde, wird von der Decke beherrscht, die ein weiteres Beispiel für eine hölzerne, geschnitzte und vergoldete Tischlerei nach San Gregorio Armeno ist und in die sechsundvierzig Tafeln aus den Jahren 1598 bis 1603 eingelassen sind. Von der Fassade aus ist auch die Kapelle San Giacomo della Marca zu sehen, die von Massimo Stanzione mit Szenen aus dem Leben des Heiligen bemalt wurde (ca. 1644-1646). Das Kloster verfügt über ein Refektorium und zwei Kreuzgänge, von denen der kleinere in der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts mit grotesken Motiven und Szenen aus dem Leben des Heiligen Jakobus von den Marken bemalt wurde.
