Kyrkan Santa Maria la Novas historia är kopplad till de första klosterrörelserna. Det första franciskanska samfundet i Neapel (1216) slog sig ner på ruinerna av en romersk villa och grundade Santa Maria ad Palatium på den plats där Castel Nuovo senare skulle växa upp. När Carius I av Anjou konfiskerade området och gav franciskanerna en annan bit mark att bygga det nya klostret på, byggdes den nuvarande platsen och fick namnet Santa Maria La Nova (1279).Byggnadens nuvarande utseende är från 1500-talet, efter att ha byggts om av Giovanni Cola di Franco (1596-1599). Interiören, som berikats vid olika tidpunkter, domineras av taket, ett annat exempel, efter San Gregorio Armeno, på snickeriarbeten i trä, snidade och förgyllda snickerier, där fyrtiosex paneler, målade mellan 1598 och 1603, är inbäddade. Från fasaden syns också kapellet San Giacomo della Marca, som är freskerat av Massimo Stanzione med scener ur helgonets liv (ca 1644-1646).Klostret har en matsal och två klosterrum, varav det mindre är freskmålat under 1600-talets första hälft med groteska motiv och scener från Sankt Jakob av Marches liv.
