Katedralens gulvmosaik er af betydelig størrelse, den strækker sig over hele hovedskibets længde og består af ca. 600.000 polykrome mosaikker af lokal kalksten. Den forestiller Livets træ og blev bestilt af biskop Gionata tilbage i 1163 og udført af munken Pantaleone fra klosteret S. Nicola di Casale i Otranto, som færdiggjorde mesterværket i 1165.Et første særpræg ved mosaikken er, at den har forfatterens navn indgraveret i overensstemmelse med hovedindgangen, hvilket i hvert fald var usædvanligt for den tid og sandsynligvis skyldes det privilegium, at man ønskede at give kunstneren æren som tak for værkets store succes.Som nævnt er den betydning, som de fleste eksperter tillægger afbildningen, den af livets træ, men der er kontroversielle teorier, og der er aldrig nået en konklusion, som tilfredsstiller alle tænkeskoler, hvilket efterlader et slør af mystik omkring værket.Det er dog klart, at der omkring træet, som strækker sig fra indgangen til præstegården, udspiller sig en lang række scener fra Det Gamle Testamente, som symboliserer menneskets snørklede vej til at overvinde synden og opnå evig frelse: Adam og Evas begivenheder, Kain og Abel, opfattelsen af Helvede og Paradiset. Der mangler ikke mytologiske og historiske referencer som f.eks. til Kong Arthur og Alexander den Store. Meget slående er også skildringen af årets tolv måneder, som en cirkulær del er dedikeret til, samt fremstillingen af de relative årstidsbestemte arbejdsopgaver.De mange forskellige elementer og symboler er endnu et bevis på, at Otranto altid har været et mødested mellem kulturer, folkeslag og forskellige kunstneriske og kulturelle strømninger. Byens geografiske beliggenhed har gjort det lettere at mødes og udveksle mellem Vesten og Østen og har ofte udsat stedet for angreb og invasioner, som mere end at favorisere og påtvinge deres egen kultur. Efter årtusinders historie er der tilbage en række skatte, aftryk, tegn på forskellige folkeslags færden, som har beriget Otrantos skatte, også og især ud fra et kunstnerisk synspunkt.