Golvmosaiken i katedralen är mycket stor, den sträcker sig över hela huvudskeppets längd och består av cirka 600 000 polykroma mosaikstenar av lokal kalksten. Den föreställer livets träd och beställdes av biskop Gionata redan 1163 och utfördes av munken Pantaleone från klostret S. Nicola di Casale i Otranto, som avslutade mästerverket 1165.En första egenhet hos mosaiken är att den har upphovsmannens namn ingraverat, i anslutning till huvudentrén, vilket är minst sagt ovanligt för den tiden och förmodligen beror på privilegiet att ge konstnären äran som tack för verkets fantastiska framgång.Som nämnts är den betydelse som de flesta experter ger avbildningen livets träd, men det finns kontroversiella teorier och ingen slutsats har någonsin nåtts som tillfredsställer alla skolor av tänkare, vilket lämnar en slöja av mystik som omger verket.Vad som däremot står klart är att runt trädet, som sträcker sig från ingången till prästgården, utspelar sig en mängd scener från Gamla testamentet som symboliserar människans snåriga väg för att övervinna sina synder och uppnå evig frälsning: Adam och Evas händelser, Kain och Abel, föreställningen om helvetet och paradiset. Det saknas inte heller mytologiska och historiska referenser, till exempel till kung Arthur och Alexander den store. Mycket slående är också skildringen av årets tolv månader, till vilka en cirkelformad del är tillägnad, samt framställningen av de relativa säsongsbetonade arbetena.Den rikedom och variation av element och symboler som finns är ytterligare ett bevis på att Otranto alltid har varit en mötesplats mellan kulturer, folk och olika konstnärliga och kulturella strömningar. Stadens geografiska läge har underlättat mötet och utbytet mellan väst och öst, vilket ofta har utsatt staden för attacker och invasioner som mer än gynnat och infört sin egen kultur. Efter årtusenden av historia återstår en rad skatter, avtryck, tecken på olika folks framfart, som har berikat Otrantos skatter även och framför allt ur konstnärlig synvinkel.