Lors de la conquête d'Athènes par les Ottomans, le paysage de la ville s'est considérablement modifié. L'édit du sultan a permis à Athènes de devenir une ville multiethnique, avec la directive de protéger et de réaffecter la plupart des temples et des monuments à l'usage du public pendant l'occupation du régime.En 1759, Mustapha Agha Tzistarakis, le gouverneur ottoman d'Athènes, a ordonné la construction d'une mosquée sur la place Monastiraki. Cependant, en contradiction avec l'édit du sultan, Tzistarakis a supervisé la destruction de l'un des piliers d'un ancien temple grec, que l'on pense être le temple de Zeus olympien ou la bibliothèque d'Hadrien, afin d'obtenir de la chaux pour la construction de la mosquée.Cet acte a donné lieu à des superstitions locales, la croyance voulant que la destruction des temples provoque des épidémies. En conséquence, les habitants exaspérés firent pression sur le sultan pour qu'il exile Tzistarakis d'Athènes en guise d'apaisement. Néanmoins, ce bannissement n'a pas suffi, car Tzistarakis a été assassiné par la suite.La mosquée de Tzistarakis, un bâtiment carré de deux étages avec un dôme hémisphérique sur une base octogonale, a servi de mosquée jusqu'à la guerre d'indépendance grecque. Après avoir obtenu l'indépendance des Ottomans, le gouvernement grec a réaffecté le bâtiment à divers usages, notamment une salle de réunion pour les anciens, une prison, une caserne, un entrepôt et un lieu de concerts et d'événements militaires. Le minaret qui ornait le bâtiment a été détruit entre 1839 et 1843.En 1915, le bâtiment a été rénové et a rouvert ses portes en 1918 sous le nom de Musée de l'artisanat grec. Des bureaux supplémentaires ont été ajoutés au rez-de-chaussée en 1920, et le musée a été rebaptisé Musée des arts décoratifs en 1923. En 1966, le bâtiment a été temporairement réaménagé pour servir de lieu de prière au roi Saoud d'Arabie saoudite lors de sa visite à Athènes. Depuis 1975, il sert également d'annexe au musée d'art populaire grec. Après un tremblement de terre en 1981, le bâtiment a été restauré et rouvert au public en 1991, offrant un espace d'exposition supplémentaire pour les besoins du musée. Cette histoire complexe montre comment la mosquée Tzistarakis a été un élément durable du patrimoine d'Athènes, évoluant pour remplir différents rôles au cours des siècles.