Mozaicul de pe podeaua catedralei este de dimensiuni considerabile, întinzându-se pe toată lungimea naosului principal, și este format din aproximativ 600.000 de tessere policrome din compoziție locală de calcar. Reprezintă Arborele Vieții și a fost comandat de episcopul Gionata încă din 1163 și realizat de călugărul Pantaleone de la Abația S. Nicola di Casale din Otranto, care a terminat capodopera în 1165.O primă particularitate a mozaicului este faptul că pe el este gravat numele autorului său, în corespondență cu intrarea principală, fapt cel puțin neobișnuit pentru acea vreme și probabil datorat privilegiului de a acorda credit artistului ca mulțumire pentru succesul splendid al lucrării.După cum am menționat, semnificația pe care majoritatea experților o dau reprezentării este cea a Arborelui Vieții, dar există teorii controversate și nu s-a ajuns niciodată la o concluzie care să satisfacă toate școlile de gândire, lăsând un văl de mister în jurul lucrării.Ceea ce este clar, însă, este că în jurul copacului, care se întinde de la intrarea în prezbiteriu, se desfășoară o multitudine de scene din Vechiul Testament, simbolizând drumul chinuitor parcurs de om pentru a învinge păcatele și a obține mântuirea veșnică: întâmplările lui Adam și Eva, cele ale lui Cain, Abel, conceperea Iadului și a Paradisului. Nu lipsesc nici referințele mitologice și istorice, cum ar fi cele la regele Arthur și Alexandru cel Mare. De asemenea, foarte frapantă este reprezentarea celor douăsprezece luni ale anului, cărora le este dedicată o parte circulară, precum și reprezentarea muncilor sezoniere relative.Bogăția și varietatea elementelor și simbolurilor prezente sunt o dovadă în plus a modului în care Otranto a reprezentat întotdeauna un punct de întâlnire între culturi, popoare și diferite curente artistice și culturale. Poziția geografică de care se bucură orașul a facilitat întâlnirea și schimbul dintre Occident și Orient, expunând adesea locul la atacuri și invazii care, mai mult decât favorizate, au impus propria cultură. După milenii de istorie, ceea ce a rămas este o serie de comori, amprente, semne ale trecerii diferitelor popoare, care au îmbogățit comorile Otranto-ului și, mai ales, din punct de vedere artistic.