Le musée archéologique est situé dans un contexte architectural extraordinaire, l'ancien couvent du monastère de San Maurizio, fondé au VIIIe siècle après J.-C., où l'histoire de l'ancien Milan montre encore ses traces. La zone était occupée par un bâtiment résidentiel datant du 1er siècle après J.-C., les murs et le grand cirque romain adjacent au palais impérial de la fin du 3e siècle après J.-C., dont des vestiges importants ont été préservés.
Les collections sont présentées dans différentes salles en fonction de la culture à laquelle elles appartiennent. Au rez-de-chaussée, après le premier cloître (décoration architecturale d'origine milanaise) se trouve la section consacrée au Milan ancien. La visite se poursuit dans le cloître intérieur ("la société milanaise à travers les épigraphes" ;) où l'on peut visiter la tour polygonale (fin du IIIe siècle) avec des fresques du début du Moyen Âge (XIIIe siècle).
Au sous-sol, vous pouvez visiter la section de l'art du Gandhara et la section Vivre à Mediolanum. Depuis le cloître intérieur du musée, en empruntant la passerelle qui traverse les murs romains, on peut rejoindre le bâtiment par la via Nirone 7, la nouvelle extension du musée. Au rez-de-chaussée, à côté de la salle de conférence-didactique, il y a un sentier dédié à la musique ancienne (Suoni Silenti. Images et instruments de musique du Musée archéologique civique de Milan). Au premier étage se trouve la section du début du Moyen Âge, au deuxième étage la section étrusque, tandis que le troisième étage est consacré à la section grecque. Depuis une petite salle à la fin de la section étrusque, vous pouvez jeter un coup d'œil aux deux tours romaines du complexe du Monastère Majeur. À l'intérieur de la tour polygonale des murs se trouve une sculpture donnée à la municipalité de Milan par Mimmo Paladino. Les collections égyptiennes, préhistoriques et protohistoriques sont exposées dans les salles Visconti du Castello Sforzesco.
