Le musée a été construit à l'intérieur du corps principal du château de Montesarchio, une structure construite à l'époque normande mais soumise à une rénovation continue jusqu'au milieu du XIXe siècle. Pendant cette période, deux corps différents ont été construits, oblitérant la plupart des structures médiévales préexistantes, pour l'utilisation du bâtiment comme prison du Royaume de Naples.
Dans les années 1950, lorsque la prison de Bourbon a été fermée, les locaux ont été utilisés pour accueillir l'orphelinat "Mater Orphanorum", actif jusqu'à la fin des années 1980. De la structure médiévale d'origine, il ne reste que les fortifications extérieures datant de l'époque aragonaise et les salles hypogées utilisées comme citernes.
L'aménagement du musée, encore provisoire dans l'attente de l'achèvement des travaux de restauration du monument, est consacré à l'histoire et à l'archéologie de la vallée de Caudina et est actuellement réparti sur six salles au premier étage du bâtiment.
De la reconstitution du paysage à l'époque préhistorique (salle I), accompagnée de l'exposition d'objets trouvés dans différentes localités du Sannio Caudino, on passe à la grande section consacrée au site de Caudium, l'actuel Montesarchio (salles II-IV). Sont exposés, par ordre chronologique, un certain nombre d'objets provenant de la nécropole de Caudine, datables entre le milieu du VIIIe et le IIIe siècle avant J.-C., témoignant de la richesse et de la complexité du site, qui était impliqué dans un commerce intense avec les cités grecques de la côte et le monde étrusque-campanien. Les nombreux vases figuratifs de production attique et italique - en particulier les cratères - découverts dans des tombes datant des 5e-4e siècles avant J.-C. sont particulièrement intéressants. La dernière partie de la visite est consacrée aux deux autres centres importants du Sannio caudino : Saticula (Sant'Agata dei Goti) et Telesia (S. Salvatore Telesino), dont le matériel illustratif de la riche nécropole est exposé.