Le Musée civique de Palazzo Te est situé dans les salles de l'étage supérieur. Quatre collections sont exposées :
Section Gonzaga La section comprend des documents principalement liés à l'histoire de Mantoue à l'époque des Gonzague (1328-1707) : une collection numismatique composée de 595 pièces produites par la Monnaie de Mantoue, une collection de cônes et de poinçons, l'ancienne série de poids et mesures de l'État de Mantoue et une collection de 62 médailles des Gonzague et des illustres habitants de Mantoue.
Donation "Arnoldo Mondadori" ; La section comprend dix-neuf tableaux de Federico Zandomeneghi (1841-1917) et treize d'Armando Spadini (1883-1925), collectionnés par Arnoldo Mondadori et donnés en 1974 par les héritiers de l'éditeur d'origine mantouane.
Collection d'égyptiens "Giuseppe Acerbi" ; Giuseppe Acerbi (1773-1846), consul général d'Autriche en Égypte, a participé en 1829 à certaines phases de la célèbre expédition archéologique dirigée par Jean François Champollion. Elle constituait une importante collection de matériel archéologique, 500 pièces dont il fit don à la ville de Mantoue en 1840. Sa collection est désormais entièrement exposée au Palazzo Te.
Mésopotamien " Collection;Ugo Sissa" ; La collection d'Ugo Sissa, architecte et peintre mantouan (1913-1980), architecte en chef à Bagdad entre 1953 et 1958, comprend environ 250 pièces d'art mésopotamien datées entre la fin du sixième millénaire avant J.-C. et la fin du premier millénaire après J.-C.
