Il Museo Archeologico di Mykonos fu eretto nel 1902. Il museo è stato creato principalmente per conservare le vestigia recuperate dalla Fossa della Purificazione, risalente al 426-425 a.C. Questa fossa fu portata alla luce nel 1898 dal famoso studioso D. Stavropoulos dalla pittoresca isoletta di Rheneia. L'elegante struttura architettonica del museo è stata progettata dal famoso architetto Alexandros Lykakis. L'idea di costruire l'edificio che ospita il museo è nata dal Ministero dell'Istruzione in collaborazione con la Società Archeologica di Atene. Degna di nota è anche la collezione di vasi di epoca ellenistica. Una delle principali attrazioni del museo è il pithos, realizzato in modo piuttosto artistico, che raffigura abilmente le scene della cattura di Troia. Questo notevole pithos è stato portato alla luce nel 1961 durante lo scavo di un pozzo a Mykonos.
Il pithos raffigura artisticamente la caduta dell'esercito di Troia dal cavallo di legno per eccellenza. Il corpo del pithos è racchiuso da pannelli che raffigurano i soldati che compiono un'offensiva contro donne e bambini innocenti. Gli studiosi ritengono che il pithos risalga al VII secolo a.C.. C'è anche la massiccia anfora arcaica, che si distingue per gli abbellimenti intricati. Particolarmente significativa è una statua con una sfinge sul collo e una testa di cavallo sul corpo.
Anche la stele funeraria di Glykon è notevole per la sua presenza, scoperta casualmente in mare. La vittima è vista seduta sugli scogli, in uno stato d'animo struggente e pensieroso, con lo sguardo fisso in direzione della prua della nave. Sul piedistallo c'è un'iscrizione con queste parole: Glykon, figlio di Protogenis, virtuoso, ti auguro ogni bene. Questa stele funeraria fa parte delle inestimabili collezioni del museo.
Oltre alla stele funeraria di Glykon, c'è anche la stele funeraria di Tertia Horaria. La donna defunta è vista seduta e tende la mano d'addio al marito, posizionato proprio di fronte. C'è anche l'immagine di una bambina schiava con il contenitore di gioielli della donna defunta. Questa stele funeraria è stata posizionata sopra un sarcofago di marmo con l'iscrizione Tertia Horaria nel rinomato cimitero ellenistico di Rheneia. Si ritiene che appartenga al II secolo a.C.
A Rheneia si trova anche la statua di Eracle. Questa statua di inestimabile valore è stata ritrovata nel 1899 all'interno della cassaforte del paradiso di Eracle. Il coraggioso uomo è raffigurato nudo e tiene nella mano sinistra una clava e una pelle di leone. La statua è realizzata con la migliore varietà di marmo pario e si ritiene che appartenga al II secolo. La padella cicladica per eccellenza, con il suo intricato ornamento che comprende i genitali femminili nella parte inferiore, è stata riportata alla luce da una tomba di Mykonos e si ritiene che appartenga alla prima epoca cicladica.
Uno dei manufatti più noti del museo è l'Idria arcaica, impreziosita da un intricato disegno floreale e da immagini di cavalli. È solo uno dei tanti vasi portati alla luce dal Pozzo della Purificazione. Anche la meravigliosa idria a figure rosse merita un'occhiata e si distingue per la statura di una Nike volante. Sul lato sinistro si vede un cervo che sgambetta.
L'antica civiltà greca era nota per l'uso dell'argilla per dare forma a figure artistiche. Il Museo Archeologico di Mykonos espone una superba statuetta di argilla raffigurante una bella donna che indossa il tradizionale chitone e l'himation. Questa rara statuetta di argilla è stata scoperta a Rheneia e risale al II secolo. Si distingue per la sua presenza anche la statua di un uomo morto che indossa l'abito tradizionale. Come la statuetta di argilla della bella donna, anche questa statua di uomo morto è stata portata alla luce nella località di Rheneia ellenistica.