El Museo Arqueológico Nacional de Nápoles es uno de los más antiguos e importantes del mundo por la riqueza y la singularidad de su patrimonio y por su contribución a la escena cultural europea. El origen y la formación de las colecciones están vinculados a la figura de Carlos III de Borbón, en el trono del Reino de Nápoles desde 1734, y a su política cultural: el rey promovió la exploración de las ciudades vesubianas sepultadas por la erupción del 79 d.C. (iniciado en 1738 en Herculano, en 1748 en Pompeya) y supervisó la construcción de un Museo Farnesio en la ciudad, transfiriendo parte de la rica colección heredada de su madre Elisabeth Farnese de las residencias de Roma y Parma.
A su hijo Ferdinando IV se debe el proyecto de reunir en el edificio actual, construido a finales de 1500 con destino a la caballería y desde 1616 hasta 1777 sede de la Universidad, los dos núcleos de la Colección Farnese y la colección de los hallazgos vesubianos ya expuestos en el Museo de Herculano dentro de la Reggia di Portici.
A partir de 1777 el edificio se vio afectado por una larga fase de proyectos de renovación y ampliación, confiados a los arquitectos F. Fuga y P. Schiantarelli. En la década de la dominación francesa (1806-1815) se hicieron las primeras instalaciones y con el regreso de los Borbones a Nápoles en 1816 asumió el nombre de Museo Real Borbón. Concebido como un museo universal, albergaba institutos y laboratorios (la Biblioteca Real, la Accademia del Disegno, la Officina dei Papiri...), posteriormente transferidos a otros lugares en 1957.
Las colecciones del Museo, que se convirtió en nacional en 1860, se han enriquecido con la adquisición de hallazgos de excavaciones en la Campania y el sur de Italia y de colecciones privadas. El traslado de la Galería de Arte a Capodimonte en 1957 determinó el aspecto actual del Museo Arqueológico. Alberga preciosas colecciones y hallazgos arqueológicos que se remontan a los períodos prehistórico y tardío-romano, así como muchas colecciones históricas, incluyendo las de la familia Farnese, los Borgias y la colección del antiguo Egipto.