Il Gran Consiglio della città fondò il Museo Archeologico nel 1561. Durante il 1800 la raccolta di lapidi romane è stata arricchita con quelle di P. Vimercati Sozzi e G. Mantovani e successivamente con i ritrovamenti della Soprintendenza Archeologica della Lombardia. La sezione preistorica comprende pezzi dal periodo neolitico all'età del ferro del territorio di Bergamo. Particolarmente rilevanti sono le urne cinerarie prvenienti dal cimitero Golasecca di Brembate di Sotto. Diversi pezzi provenienti da luoghi di sepoltura sono manufatti gallici e oggetti della cultura romana. La sezione Lapidario mostra lapidi romane che testimoniano la presenza di famiglie indigene celtiche e di cittadini romani che si erano trasferiti a Nord. Nella sezione dedicata alla città, si racconta la storia di Bergamo, dall'insediamento protostorico di Golasecca al Municipio romano. Gli affreschi che si trovano in una domus sono databili tra la fine del I e del II secolo d.C. Le statue richiamano l'attenzione per la loro alta qualità e per la loro antichità (I secolo a.C). La sezione alto-medievale mostra pezzi gotici e lombardi, tra cui un notevole arsenale guerriero. Alcune croci a foglia d'oro sono eccellenti opere d'arte.
