El Museo de la Basílica de San Eustorgio, que junto con la Basílica de San Eustorgio y el Museo Diocesano Carlo Maria Martini forma parte del complejo de los Claustros de San Eustorgio, está compuesto por importantes testimonios monumentales e histórico-artísticos muy diferentes entre sí pero de fundamental importancia en el contexto milanés, empezando por el Cementerio Paleocristiano, situado bajo la nave de la iglesia, donde entre 1959 y 1962 se hallaron los restos de una necrópolis tardía.
El Museo también incluye las dos salas monumentales de la Sala Capitular y la Sacristía Monumental a través de la cual se accede a la Capilla Portinari. Esta última, una obra maestra de la arquitectura renacentista lombarda, fue construida entre 1462 y 1468 por encargo de Pigello Portinari y es un testimonio fundamental de los inicios de un lenguaje renacentista de matriz toscana injertado en la cultura lombarda.
De gran importancia es la rica decoración plástica, principalmente en terracota, que dialoga con los espléndidos frescos de Vincenzo Foppa dedicados a las historias de San Pedro Mártir. En el centro de la capilla se encuentra el Arca de San Pedro Mártir, un extraordinario testimonio de la escultura gótica, creada por Giovanni di Balduccio entre 1336 y 1339.
