Il Museo di San Gimignano si trova nell'antico monastero di Santa Chiara, che in passato è stato adibito a conservatorio per signorine di buona famiglia e successivamente a scuola media. Il complesso è stato oggetto di interventi di restauro tra gli anni Ottanta e Novanta del secolo scorso, trasformandolo in un polo espositivo di grande interesse. All'interno del museo sono presenti diverse sezioni, tra cui il Museo Archeologico, la Spezieria di Santa Fina e la Galleria d'Arte Moderna e Contemporanea "Raffaele De Grada".
Il Museo Archeologico di San Gimignano ospita importanti testimonianze che raccontano la storia più antica di San Gimignano, dall'epoca etrusca arcaica fino al XVIII secolo. La mostra è suddivisa in due sezioni: una dedicata all'arte etrusca e romana, con reperti provenienti da insediamenti e necropoli del territorio, risalenti al VII-I secolo a.C.; l'altra sezione è dedicata alle attività produttive artigianali, come il vetro e la ceramica, che erano presenti nella città durante il Medioevo.
La Spezieria di Santa Fina è annessa allo Spedale omonimo, fondato nella metà del XIII secolo. La mostra presenta suppellettili e arredi delle antiche istituzioni sanitarie della città. L'allestimento ricostruisce l'ambiente e gli aromi originali della farmacia, una delle più antiche della Toscana. I prodotti erano contenuti in vasi ceramici e di vetro di alta qualità, datati tra il XV e il XVIII secolo. Il percorso espositivo traccia la storia dei farmaci e delle attività legate al lavoro della spezieria. Sono esposti anche numerosi medicinali antichi, come l'olio di scorpioni e i componenti utilizzati nella preparazione delle medicine.
La Galleria d'Arte Moderna e Contemporanea "Raffaele De Grada" è intitolata al noto pittore milanese Raffaele De Grada. L'artista scelse San Gimignano come sua patria d'elezione dopo aver viaggiato in tutta Europa. La galleria espone molte opere di De Grada e di altri artisti del XIX e XX secolo. La collezione permanente include opere dell'Ottocento toscano e del Novecento. Sono presenti anche due salette monografiche dedicate a Niccolò Cannicci e a Raffaele De Grada, oltre a opere di Giannetto Fieschi. La galleria è arricchita anche da dipinti italiani degli anni '30 agli anni '80 provenienti dalla Collezione Pacchiani.
La Galleria d'Arte Moderna e Contemporanea rappresenta lo spazio espositivo più importante di San Gimignano, dove vengono organizzate frequenti mostre temporanee dedicate all'arte dell'Ottocento, del Novecento e contemporanea.
