Fra le più belle strutture non religiose spicca il Museo Diocesano, che si trova nel monastero delle benedettine. I Museo Diocesano occupa il piano terra dell'ex Monastero di San Bendetto, prima "Monastero della SS. Nunziata dell'ordine benedettino, poi Monastero delle Benedettine". Fu mons. Felice Siliceo, vicario generale del vescovo Giacomo Aldobrandini (1592-1607) a farlo costruire per dare alle Benedettine una più confortevole e decorosa sistemazione. La costruzione risale al 1605. Due epigrafi sono incastonate nella facciata. Quella più in alto recita: JACOBI ALDOBRANDINI EPISCOPI TROIANI ET IN REGNO NEAPOLITANO NUNTII APOSTOLICI; CIVIUMQUE MUNERE AC PIETATE AD DEI CULTUM ET REIPUBLICAE COMMODITATEM PRO SACRIS VIRGINIBUS DEIPARAE DICATUM A(nno) D(omini) MDCV (trad.T. Maddalena: Con le offerte e la devozione dei Cittadini e di Giacomo Aldobrandino, vescovo trojano e nunzio apostolico nel Regno napoletano dedicate alla Madre di Dio per il culto di Dio e per la pubblica utilità dei cittadini in favore delle Sacre Vergini - nell'anno del Signore 1605); l'altra, posta più in basso, dice: OPUS LONGE ANTE DESIDERATUM DIVINA ORE TANDEM INCOEPTUM AT FELICIS SILICEI ARCHIDIACONI TROJANI OPERA CELERITER ABSOLUTUMDUM GENERALIS VICARII TROJANI OFFICIO FUNGERETUR (trad. T. Maddalenena: OPera da lungo tempo desiderata, finalmente incominciata per volontà divina e celermente portata a termine da Felice Siliceo, arcidiacono trojano, mentre svolgeva l'ufficio di Vicario generale di Troia). La facciata venne adombrata in buona parte dall'attigua chiesa di San Benedetto (oggi della Vergine Addolorata o di San Francesco delle stimmate), fatta costruire da mons. E. G. Cavalieri (1694-1726) per dare alle monache la possibilità di assistere alle liturgie dall'alto di anguste finestre con grate. L'attuale e momentaneo ingresso al museo ha un portale arricchito da decorazioni floreali e un timpano spezzato. Si entra nel monastero da una porta di servizio blindata e subito agli occhi del visitatore appare un chiostro di un bianco accecante con pilastri poco slanciati sui quali sono poggiate le arcate.
Al suo interno sono contenuti degli esemplari interessanti di sculture di bronzo, di dipinti seicenteschi e settecenteschi e complessi marmorei. Il silenzio e la tranquillità delle sale, che si alternano geometricamente l'una dopo l'altra secondo la tradizionale struttura dei chiostri, donano al visitatore un senso di tranquillità e di pace, che rende molto piacevole la visita al museo. Ogni Sala ha il proprio nome: la Sala dei Misteri, quella dell'Annunziata, e talora ospitano mostre e convegni su tematiche d'arte. Da non perdere il capitello svevo, il cui gemello si trova al "Metropolitan Museum" d'oltreoceano. Poco distante dalla struttura si trova anche il Museo Municipale, allestito nel 1971 ed ospitante, nei cinque settori, opere che vanno dal periodo medievale a quello moderno fino all'arte contemporanea. Fra i pezzi più interessanti della collezione si ricordano la Tomba di Enea, il Sarcofago di San Secondino, e parte della pavimentazione originale della Via Traiana, nonché una vasto tesoro di argenteria.
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