Inaugurado en 2001 polo Cardeal Carlo María Martini, a quen foi entón nomeado en 2017, o museo é o punto de chegada de un proxecto importante para que algúns dos maiores números de Milán Arcebispos do século xx deron a súa contribución decisiva. As súas orixes remóntanse a unha primeira intuición do Beato Ildefonso Schuster en 1931, a continuación, levado polo Cardeal Montini, en 1960, que indica como o asento do novo museo claustros de Sant'eustorgio, un dos fundamental lugares para a historia de Ambrosian Cristianismo. Finalmente, o Cardeal Martini, nos anos Oitenta, foi confiada a difícil tarefa de iniciar o traballo de reconstrución dos Claustros, seriamente danado polos bombardeos da Segunda Guerra Mundial, confiada ao Belgiojoso estudo.O primeiro Convento de dominicas en Milán foi situado aquí, a partir do século xiii, e os dous Claustros, onde o Museo da Basílica de Sant'eustorgio e o Museo Diocesano están localizados, son o que queda do que o antigo convento.
A colección permanente do Museo Diocesano, que ocupa o segundo claustro, consta de máis de mil obras entre o II e XXI séculos. Desde o Arcebispo oficina veu coleccións do Milanesa arcebispais (parte do Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli colección, e a completa Erba Odescalchi colección).
Ademais de pinturas de igrexas da Diocese, o museo conserva un significativo grupo de obras de mobiliario litúrxico. A colección está rematada por unha sección dedicada ao ouro fondos (obras do Xiv e xv, século, sobre todo Toscana, recollidos polo Prof. Alberto Crespi e doados ao museo), así como esculturas e pinturas da colección de Caterina Marcenaro, debuxos de Sozzani recollida e o precioso Schubert legado.
Finalmente, para un primeiro núcleo de escultórico obras de Lucio Fontana, foron engadidos numerosas obras dos séculos XX e XXI, unha declaración de un crecente interese do museo para contemporaneidade.
