O Museo Lapidario Estense é o primeiro museu público estabelecido em Modena. Sua fundação é devida ao Duque Francisco IV da Áustria-Este, que em 31 de Março de 1828 decretou o seu nascimento com o nome do Museu lapidário Modenês. Ele foi inspirado por ilustres exemplos, tais como o Maffeiano Museu Lapidar de Verona (1738), ou a lapidação Galeria no Museu Chiaramonti, no Vaticano (1800-1823), mas com a peculiar vocação cívica destinada a glorificar o passado ilustre da cidade, desde as suas origens como uma colônia Romana de Mutina.
O núcleo inicial consistia em algumas peças já preservadas no Palácio do Doge em Modena, adquiridas pelo Este de outras coleções antiquárias ou como descobertas de escavações dos territórios ducais de Brescello e Novellara. Desde o início, os cidadãos, começando pelos representantes do clero e da nobreza, comprometeram-se a doar materiais para suas propriedades e financiar o museu, que em alguns anos registrou um aumento significativo, que é certificado pelas duas inscrições comemorativas de seus benfeitores (1828 e 1830) ainda está preservado. Científica catálogo publicado em 1830, pelo seu primeiro diretor, Carlo Malmusi, definir os princípios que inspiraram a instituição: " para servir de arqueologia", " para a memória de ilustres antepassados"e " para estudar o progresso do local de escultura". Além de achados de época romana, na verdade, congratulou-se imediatamente nas memórias e arche de sepultamento por séculos, até o final do século Xvii, havia sido colocado no adro da igreja, no lado sul da Catedral ou em outros edifícios sagrados de Modena e Reggio Emilia: uma prática surgiram ainda na era do protoumanistica, na base, perto de Bolonha, na memória daqueles cidadãos que foram distinguidas, acima de tudo, no campo do direito e da medicina.
Após a unificação da Itália, o Museo Lapidario adquiriu novos espaços sob a direção de Arsenio Crespellani, autor de um novo catálogo em 1897. O último arranjo museográfico foi o de Cesare Giorgi de 1938, recuperado com o cuidadoso trabalho de restauração do final do século passado.