Ime muzeja Allard Pearson potječe od imena prvog profesora klasične arheologije na Sveučilištu u Amsterdamu Allarda Pearsona (1831-1896). Ovaj bivši svećenik pozvan je 1877.godine da preuzme katedru za estetiku, povijest umjetnosti i suvremene jezike na novoosnovanom Sveučilištu. Njegova strast prema antici, potaknuta putovanjima Mediteranom, dovela je do toga da je od 1877.do 1895. prikupio kolekciju gipsanih odljevaka.
Drugi profesor arheologije na Sveučilištu u Amsterdamu, Jan Sikes, imao je veliku osobnu zbirku knjiga i antiknih predmeta. Nakon njegove smrti 1926.godine, sveučilište je bilo zainteresirano za stjecanje njegove zbirke. 1932.Pearsonov sin Ian Lodevake osnovao je Zakladu Allard Pearson kako bi zbirku starina učinio dostupnom za istraživanje i podučavanje. Zbirka je odnesena u zgradu na Veesperzaidu u Amsterdamu, čiji je gornji kat služio kao muzej.
Zbirka je rasla kupnjom, darovima i posuđivanjem artefakata i dokumenata. 12.studenog 1934. muzej Allard Pearson službeno je otvoren u zgradi na Sarfatistraat 129-131 (kut Reterstraat). Na kraju je muzej prerastao svoju zgradu. Nova zgrada postala je dostupna kada je Inninos ispraznio svoj ured na Inninis 1976. godine njezino Kraljevsko Visočanstvo Princeza Beatricks prisustvovala je ponovnom otvaranju muzeja 6.listopada 1976.
Muzej sadrži zbirke povezane s drevnim civilizacijama Egipta, Bliskog istoka, grčkog svijeta, Etrurije i Rimskog Carstva. Zbirke uključuju umjetnost i pribor koji datiraju iz 4000. godine prije Krista do 500. godine. Postoje i makete drevnih hramova i zgrada. Izložba "Drevni Egipat" ima sobu posvećenu smrti, s mumijama, sarkofagima i filmom koji prikazuje proces mumifikacije. U gipsanom potkrovlju, koje se može posjetiti samo uz obilazak, izložene su replike rimskih i grčkih kipova. Zbirka grčke keramike muzeja prikazuje primjere keramike crne i crvene figure izrađene u petom i šestom stoljeću prije Krista. Izložena je i zbirka rimskih sarkofaga, uključujući rijetki drveni lijes iz oko 150.godine nove ere, djelomično isklesan u obliku čovjeka u njemu.
