Muzeul Arheologic este situat într-un context arhitectural extraordinar, fosta mănăstire a mănăstirii majore din San Maurizio, fondată în secolul al VIII-lea d.hr., unde istoria Vechiului Milano își arată încă urmele. Zona a fost ocupată de o clădire rezidențială din primul secol d. hr., zidurile și Marele circ Roman adiacente la Palatul Imperial de la sfârșitul secolului al iii-lea A. D., de substanțiale care rămășițele au fost conservate.
Colecțiile sunt expuse în diferite încăperi în funcție de cultura apartenenței. La parter, dincolo de prima mănăstire (decor arhitectural de origine milaneză) se află secțiunea dedicată Vechiului Milano. Vizita continuă în mănăstirea internă ("societatea milaneză prin epigrafe") unde puteți vizita Turnul poligonal (sfârșitul secolului al III-lea) cu fresce înalte medievale (secolul al XIII-lea).
În subsol puteți vizita secțiunea de artă din Gandhara și secțiunea living in Mediolanum. De la Mănăstirea internă a Muzeului, de-a lungul pasarelei care traversează Zidurile Romane ajungeți la clădirea via nirone 7, noua extensie a Muzeului. La parter, lângă sala de conferințe-predare este amenajat un traseu dedicat muzicii antice (silent sounds. Imagini și instrumente muzicale ale Muzeului Arheologic Civic din Milano). La primul etaj se află Secțiunea din Evul Mediu Înalt, la al doilea secțiunea etruscă, în timp ce etajul al treilea este dedicat secțiunii grecești. Dintr-o cameră mică din partea de jos a secțiunii etrusce puteți arunca o privire la cele două turnuri romane ale complexului mănăstirii majore. În interiorul turnului poligonal al zidurilor este expusă o sculptură donată municipalității Milano de Mimmo Paladino. Colecțiile egiptene, preistorice și protoistorice sunt expuse în sălile Visconti ale Castello Sforzesco.
