Múzeum baziliky sant 'Eustorgio, ktoré spolu s bazilikou Sant' Eustorgio a Museo Diocesano Carlo Maria Martini je súčasťou komplexu kláštorov Sant ' Eustorgio, sa skladá z dôležitých príkladov monumentálnych, historických a umeleckých, medzi nimi veľmi odlišných, ale zásadného významu v milánskom kontexte, počnúc ranokresťanským cintorínom, ktorý sa nachádza pod loďou kostola, kde sa v rokoch 1959 až 1962 našli pozostatky nekropoly z obdobia neskorého staroveku.
Súčasťou múzea sú aj dve monumentálne miestnosti Kapitulského domu a monumentálna sakristia, cez ktorú sa dostanete do kaplnky Portinari. Ten, majstrovské dielo Lombard renesančnej architektúry, bol postavený v rokoch 1462 a 1468 na Komisiu Pigello Portinari je základným svedectvom počiatkov renesančného jazyka toskánskej matrice naštepenej na Lombardskej kultúre.
Veľká úľava predpokladá bohatú plastickú výzdobu, hlavne v terakote, ktorá dialóguje s nádhernými freskami Vincenza Foppu venovanými príbehom svätého Petra mučeníka. V strede kaplnky sa nachádza Archa svätého Petra mučeníka mimoriadneho svedectva gotickej sochy, ktorú vytvoril Giovanni Di Balduccio v rokoch 1336 až 1339.
