Muzeum Historii Hongkongu powstało w lipcu 1975 roku, kiedy to City Museum and Art Gallery zostało podzielone na Hong Kong Museum of History i Hong Kong Museum of Art. Jednak część zbiorów Muzeum pochodzi z Muzeum Miejskiego i Galerii Sztuki założonej w 1962 roku przy Ratuszu. W 1983 roku muzeum zostało przeniesione do tymczasowej kwatery w Kowloon Park. Został przeniesiony do obecnej siedziby na Chatham Road South, Tsim Sha Tsui w 1998 roku. Stała siedziba Muzeum Historii Hongkongu, o powierzchni brutto 17 500 m2, mieści się w nowym budynku opartym na koncepcji architektonicznej Pana E. Vernera Johnsona. Nowe muzeum i sąsiadujące z nim Muzeum Nauki tworzą razem kompleks muzealny o harmonijnym wyglądzie i kolorystyce.
