Muzeum zostało zbudowane w latach 1933-1939, aby pomieścić dwa gigantyczne statki należące do cesarza Kaliguli (37-41 n.e.), które zostały odnalezione w wodach jeziora w latach 1929-1931. Było to zatem pierwsze we Włoszech muzeum zbudowane dla jego zawartości, dwóch kadłubów o wymiarach odpowiednio 71,30 x 20 m i 73 x 24 m, które niestety zostały zniszczone podczas pożaru w 1944 roku. Ponownie otwarte w 1953 roku, Muzeum zostało ponownie zamknięte w 1962 roku i ostatecznie ponownie otwarte w 1988 roku.
W nowym układzie lewe skrzydło poświęcone jest statkom, z których eksponowane są niektóre materiały, jak rekonstrukcja dachu z płytek z brązu, dwie kotwice, okładzina koła dziobowego, niektóre oryginalne lub zrekonstruowane urządzenia pokładowe (noria, pompa tłokowa, blok, platforma na łożyskach kulkowych). Na wystawie znajdują się również dwa modele statków w skali 1:5 oraz pełnowymiarowa rekonstrukcja apostołu rufowego pierwszego statku, na którym umieszczono wykonane z brązu kopie skrzyń z protomami feryn.
Prawe skrzydło natomiast poświęcone jest zaludnianiu terytorium Albanii w epoce republikańskiej i cesarskiej, ze szczególnym uwzględnieniem miejsc kultu; eksponowane są tu materiały wotywne z Velletri (S. Clemente), Campoverde (Latina), Genzano (stipe Pantanacci) i Sanktuarium Diany w Nemi, a także materiały z kolekcji Ruspoli. We wnętrzu tego skrzydła można również podziwiać muzealny fragment rzymskiej kostki brukowej clivus Virbii, która prowadziła z Ariccia do Sanktuarium Diany.
