Napoli Ulusal Arkeoloji Müzesi, mirasının zenginliği ve benzersizliği ve Avrupa Kültür sahnesine katkısı nedeniyle dünyanın en eski ve en önemlilerinden biridir. Koleksiyonların kökeni ve oluşumu, 1734'ten beri Napoli Krallığı'nın tahtındaki Charles III Bourbon figürü ve kültürel politikası ile bağlantılıdır: Kral, 79.yüzyılın patlamasıyla (1738'de Herculaneum'da ve 1748'de Pompeii'de başladı) gömülen Vezüv şehirlerinin keşfini teşvik etti ve Roma ve Parma'daki konutlardan taşınarak ve Elisabetta Farnese'nin annesinden miras kalan zengin koleksiyonun bir parçası olarak şehrin inşasını müzeye yönlendirdi.
Oğlu Ferdinando IV, 1500'ün sonunda cavallerizza'nın hedefi ile inşa edilen ve 1616'dan 1777'ye kadar üniversitenin ikametgahı olan mevcut binada, Farnese koleksiyonunun iki çekirdeğini ve Portici Sarayı içindeki Herculaneum Müzesi'nde sergilenen Vezüv eserlerinin bir koleksiyonunu bir araya getirme planından kaynaklanıyor.
1777'den itibaren bina, Mimarlar F. Fuga ve P. Schiantarelli'ye emanet edilen uzun bir yenileme ve genişleme projesinden etkilendi. Fransız egemenliğinin on yılında (1806-1815) ilk kurulumlar yapıldı ve Bourbonların 1816'da Napoli'ye dönüşüyle gerçek Museo Borbonico adını aldı. Evrensel bir müze olarak tasarlanan enstitüler ve laboratuvarlar (Kraliyet Kütüphanesi, çizim Akademisi, papirüs atölyesi) barındırıyordu...) , daha sonra 1957'de başka yerlere transfer edildi.
1860 yılında ulusal hale gelen müzenin koleksiyonları, Campania ve Güney İtalya'daki kazılardan ve özel koleksiyonlardan elde edilen bulguların elde edilmesiyle zenginleştirildi. Pinacoteca'nın 1957'de Capodimonte'ye aktarılması, Arkeoloji Müzesi'nin mevcut fizyognomisini belirler. Tarih öncesi ve Geç Roma çağları arasında, Farnese ailesi, Borgia ve Eski Mısır koleksiyonu da dahil olmak üzere birçok tarihi koleksiyonun eklendiği değerli koleksiyonlara ve arkeolojik buluntulara ev sahipliği yapmaktadır.
