Neapolské Národné archeologické múzeum patrí k najstarším a najdôležitejším na svete pre bohatstvo a jedinečnosť svojho dedičstva a pre jeho prínos pre Európsku kultúrnu scénu. Pôvod a formovanie zbierok súvisí s postavou Karola III. z bourbonu, na tróne Neapolského kráľovstva z roku 1734, a jeho kultúrnou politikou: kráľ propagoval prieskum vesuánskych miest pochovaných erupciou 79 d. C. (začala v roku 1738 v Herculaneum a v roku 1748 v Pompejach) a dohliadal na stavbu v meste na múzeum namiesto toho prechodom z rezidencií v Ríme a v Parme a je súčasťou bohatej zbierky zdedenej po matke Elisabette Farnese.
Je to kvôli jeho synovi Ferdinandovi IV. plán spojiť sa v súčasnej budove postavenej na konci roku 1500 S cieľom cavallerizza a od roku 1616 do roku 1777 so sídlom univerzity, dve jadrá zbierky Farnese a zbierka artefaktov Vesuvu, ktoré už boli vystavené v múzeu Herculaneum vo vnútri paláca Portici.
Od roku 1777 bola budova zasiahnutá dlhou fázou rekonštrukčných a rozširujúcich projektov, zverených architektom F. Fugovi a P. Schiantarellimu. V desaťročí francúzskej nadvlády (1806-1815) boli vykonané prvé inštalácie a s návratom Bourbonov do Neapola v roku 1816 prevzal meno Real Museo Borbonico. Koncipovaný ako univerzálne múzeum, sídlil ústavy a laboratóriá (Kráľovská knižnica,akadémia kreslenia, dielňa papyri...), neskôr prevedené na iné miesta v roku 1957.
Zbierky múzea, ktoré sa stalo národným v roku 1860, boli obohatené o získanie nálezov z vykopávok v lokalitách Kampánie a južného Talianska a zo súkromného zberu. Presun Pinacoteca do Capodimonte v roku 1957 určuje súčasnú fyziognomiu Archeologického múzea. Nachádza sa tu vzácne zbierky a archeologické nálezy, ktoré sa vyznačujú prehistorickým a neskororímskym vekom, ku ktorým sa pridávajú viaceré historické zbierky vrátane zbierok Farneseovcov, Borgie a zbierky starovekého Egypta.
