Narodowe Muzeum Archeologiczne w Neapolu jest jednym z najstarszych i najważniejszych na świecie ze względu na bogactwo i wyjątkowość dziedzictwa oraz jego wkład w Europejski krajobraz kulturowy. Początki i powstawanie kolekcji związane są z postacią Karola III burbona, na tronie królestwa neapolitańskiego od 1734 r., oraz z jego polityką kulturalną: król przyczynił się do eksploracji wezuwiańskich miast pochowanych w erupcji 79 r. n. e. (rozpoczął się w 1738 r. w Herkulanum, w 1748 r. w Pompejach) i nadzorował utworzenie Muzeum Farnezji w mieście, przekazując z rezydencji Rzymu i Parmy część bogatej kolekcji odziedziczonej po matce Elżbiecie Farnese.
Zawdzięcza synowi Ferdynandowi IV projekt zjednoczenia w obecnym budynku, który powstał pod koniec 1500 roku z powołaniem cavallerizza i od 1616 do 1777 roku siedziba Uniwersytetu, dwa rdzenie kolekcji Farnese i kolekcji eksponatów Wezuwiusz już wystawione w Muzeum Ercolanese w Pałacu Królewskim Arkad.
Od 1777 r. budynek został dotknięty długim etapem prac remontowych i projektów rozbudowy powierzonych architektom F. Fuga i P. Schiffarelli. W ciągu dekady dominacji francuskiej (1806-1815) powstały pierwsze inscenizacje, a wraz z powrotem Bourbonów do Neapolu w 1816 r.otrzymał nazwę Royal Bourbon Museum. Zaprojektowany jako uniwersalne Muzeum, mieścił instytuty i laboratoria (Biblioteka Królewska, Akademia Rysunku, Pracownia papirusów...), później przeniesione w inne miejsca w 1957 roku.
Zbiory muzeum, które stały się Narodowe w 1860 r., zostały wzbogacone o pozyskiwanie eksponatów z wykopalisk w miejscach kampanii i południowych Włoch oraz zbiorów prywatnych. Przeniesienie galerii sztuki do Capodimonte w 1957 roku określa faktyczną fizjonomię Muzeum Archeologicznego. Posiada cenne zbiory i znaleziska archeologiczne wyróżniające się między prehistorycznym a późnym rzymskim wiekiem, do których dodawane są liczne zbiory Historyczne, w tym rodziny Farnese, Borgia i zbiory starożytnego Egiptu.
