Neapoles Nacionālais Arheoloģijas muzejs ir viens no vecākajiem un svarīgākajiem pasaulē par mantojuma bagātību un unikalitāti un ieguldījumu Eiropas kultūras skatījumā. Kolekciju izcelsme un veidošanās ir saistīta ar burbona Čārlza III figūru, kas atrodas Neapoles Karalistes tronī no 1734. gada, un tās kultūras politiku: karalis veicināja Vezuva pilsētu izpēti, kas apglabāta 79 D.C. izvirdumā (sākās 1738. gadā Herculaneum un 1748. gadā Pompejā), un tā vietā pārraudzīja pilsētas celtniecību uz muzeju, pārceļoties no rezidencēm Romā un Parmā un ir daļa no bagātīgās kolekcijas, kas mantota no mātes Elisabetta Farnese.
Tas ir saistīts ar viņa dēlu Ferdinando IV plānu apvienot pašreizējā ēkā, kas uzcelta 1500 beigās ar cavallerizza galamērķi un no 1616 līdz 1777 Universitātes mītne, divi Farnese kolekcijas kodoli un Vezuva artefaktu kolekcija, kas jau izstādīti Herculaneum muzejā Portici pilī.
No 1777. gada ēku ietekmēja ilgs renovācijas un paplašināšanas projektu posms, kas uzticēts arhitektiem F. Fuga un P. Schiantarelli. Francijas dominēšanas desmitgadē (1806-1815) tika veiktas pirmās instalācijas, un ar burbonu atgriešanos Neapolē 1816. gadā tā uzņēma īsto Museo Borbonico vārdu. Iecerēts kā universāls muzejs, tajā atradās institūti un laboratorijas (Karaliskā bibliotēka, zīmēšanas akadēmija, papīru darbnīca...), vēlāk pārcelts uz citām vietām 1957.gadā.
Muzeja kolekcijas, kas 1860. gadā kļuva Nacionālas, ir bagātinātas ar atradumu iegūšanu no izrakumiem Kampānijas un Dienviditālijas vietās un no privātas savākšanas. Pinacoteca nodošana Capodimonte 1957. gadā nosaka pašreizējo Arheoloģijas muzeja fiziognomiju. Tajā atrodas vērtīgas kolekcijas un arheoloģiskie atradumi, kas atšķiras no aizvēsturiskiem un vēlu romiešu laikiem, kuriem pievienotas vairākas vēsturiskas kolekcijas, tostarp Farnese ģimenes, Borgia un Senās Ēģiptes kolekcijas.