Neapolio Nacionalinis archeologijos muziejus yra vienas seniausių ir svarbiausių pasaulyje dėl savo paveldo turtingumo ir unikalumo bei jo indėlio į Europos kultūros sceną. Kolekcijų kilmė ir formavimas yra susiję su Karolio III Burbono figūra, Neapolio karalystės soste nuo 1734 m., ir jos kultūros politika: karalius skatino vesuvijos miestų tyrinėjimą, palaidotą 79 d. c.išsiveržimo metu (prasidėjo 1738 m. Herculaneum ir 1748 m. Pompėjoje), ir prižiūrėjo miesto statybą į muziejų, o ne perkeldamas iš rezidencijų Romoje ir Parmoje ir yra turtingos kolekcijos dalis, paveldėta iš motinos Elisabetta Farnese.
Būtent dėl jo sūnaus Ferdinando IV plano suburti dabartinį pastatą, pastatytą 1500 m. pabaigoje su cavallerizza paskirties vieta ir nuo 1616 m.iki 1777 m. universiteto būstinė, du Farnese kolekcijos branduoliai ir Vezuvijaus artefaktų kolekcija, jau eksponuojami Herculaneum muziejuje Portici rūmų viduje.
Nuo 1777 m. pastatą paveikė ilgas renovacijos ir plėtros projektų etapas, patikėtas architektams F. Fuga ir P. Schiantarelli. Prancūzijos dominavimo dešimtmetyje (1806-1815 m.) buvo pagaminti pirmieji įrenginiai, o 1816 m. Burbonams sugrįžus į Neapolį jis prisiėmė tikro Museo Borbonico vardą. Sumanytas kaip universalus muziejus, jame buvo institutai ir laboratorijos (Karališkoji biblioteka, piešimo akademija, papiruso dirbtuvės...), vėliau perkeltas į kitas vietas 1957 m.
Muziejaus kolekcijos, kurios tapo nacionaliniu 1860 m., buvo praturtintos radinių įsigijimu iš kasinėjimų kampanijos ir pietų Italijos vietose ir iš privataus rinkimo. Pinakotekos perkėlimas į Capodimonte 1957 m. lemia dabartinę archeologijos muziejaus fiziognomiją. Jame yra tauriųjų kolekcijų ir archeologinių radinių, išsiskiriančių tarp priešistorinių ir vėlyvųjų romėnų amžių, prie kurių pridedamos kelios istorinės kolekcijos, įskaitant Farnese šeimos, Borgia ir senovės Egipto kolekcijos.
