Muuseum ehitati aastatel 1933-1939 kahe hiiglasliku laeva jaoks, mis kuulusid keiser Caligulale (37-41 pKr) ja mis leiti järve veekogust aastatel 1929-1931. Seetõttu oli see esimene muuseum Itaalias, mis ehitati selle sisu jaoks, kaks kere mõõtmetega vastavalt 71,30 x 20 m ja 73 x 24 m, mis kahjuks hävisid 1944. aasta tulekahjus. 1953. aastal taasavatud muuseum suleti uuesti 1962. aastal ja avati uuesti 1988. aastal.
Uue kujunduse järgi on vasakpoolne tiib pühendatud laevadele, millest on välja pandud mõned materjalid, näiteks pronksplaatidega katuse rekonstruktsioon, kaks ankrut, vööratta vooder, mõned originaalsed või rekonstrueeritud pardaseadmed (noria, kolbpump, plokk, kuullaagritega platvorm). Samuti on eksponeeritud kaks laevade mudelit mõõtkavas 1:5 ja esimese laeva ahtri apostikli täismõõtmeline rekonstruktsioon, millele on asetatud pronksist koopiad feriinprotoomidega kastidest.
Parempoolne tiib seevastu on pühendatud Albaania territooriumi rahvastumisele vabariigi ja keisririigi ajal, keskendudes eelkõige kultuskohtadele; siin on eksponeeritud pühakujutised Velletrist (S. Clemente), Campoverdest (Latina), Genzanost (Pantanacci stipp) ja Diana pühakojast Nemis, samuti Ruspoli kollektsiooni materjalid. Selles tiivas on võimalik imetleda ka muuseumi teelõiku Rooma ajastu sillutuskivist Clivus Virbii, mis viis Aricciast Diana pühakotta.
