Sākās 13. gadsimta sākumā kā agrākas romānikas baznīcas aizstājējs, būvniecība turpinājās visu atlikušo gadsimtu vietējā Scheldt gotikas stilā (nosaukts tuvējās upes vārdā). Šim stilam raksturīga zili pelēka akmens izmantošana no Tournai apgabala, vienīgais lielais tornis virs krustojuma un slaidie tornīši ēkas stūros.
Svētā Nikolaja baznīca, kas celta vecajā Ģentes tirdzniecības centrā blakus rosīgajam Korenmarkt (kviešu tirgus), bija populāra ģildēs, kuru locekļi savu biznesu veica netālu. Ģildēm bija savas kapelas, kuras 14.un 15. gadsimtā tika pievienotas baznīcas malām.
Centrālais tornis, kuru daļēji finansēja pilsēta, kalpoja kā novērošanas punkts un nesa pilsētas zvanus, līdz tika uzcelta blakus esošā Gentas zvanu tornis. Šie divi torņi kopā ar svētā Bavo katedrāli joprojām nosaka pilsētas centra slaveno viduslaiku panorāmu. Viens no baznīcas dārgumiem ir tās ērģeles, ko ražo slavenais franču ērģeļu Celtnieks Aristide Cavaillé-Coll.
Ēka gadsimtu gaitā pakāpeniski pasliktinājās tādā mērā, kas apdraudēja tās stabilitāti. Plaisas tika pārklātas ar apmetumu, sienas nostiprināšanai tika uzlikti Logi, un 18.gadsimtā pret noplukušajām fasādēm tika uzceltas mazas mājas un veikali. Interese par Baznīcu kā vēstures pieminekli radās ap 1840.gadu, un 20. gadsimta mijā parādījās lieli atjaunošanas plāni. Blakus baznīcai esošās mājas tika nojauktas, un kopš tā laika ir veikti daudz atjaunošanas darbu.
