Ninaji je eden od mnogih velikih templjev v Kjotu, ki so navedeni kot območja svetovne dediščine. To je glavni tempelj Omuro šole Shingon sekte budizma, ki ga je leta 888 ustanovil vladajoči cesar. Več stoletij je pripadnik cesarske družine služil kot glavni duhovnik Nindaji, tempelj pa je bil znan tudi kot cesarska palača Omuro.
Zaradi številnih vojn in požarov, ki so opustošili Kyoto v vsej svoji zgodovini, nobena stavba iz tempeljske fundacije v 9.stoletju še ni preživela. Najstarejše stavbe segajo na začetek Edo Obdobja v začetku 1600s, vključno s glavni dvorani (Kondo), je Kannon Dvorano, Niomon sprednji vrata, Chumon notranja vrata in pet kadjo pagoda.
