Ninnaji, Dünya Mirası olarak listelenen Kyoto'daki birçok büyük tapınaktan biridir. Budizm Shingon mezhebinin Omuro Okulunun baş tapınağıdır ve 888 yılında hüküm süren İmparator tarafından kurulmuştur. Yüzyıllar boyunca, İmparatorluk ailesinin bir üyesi Ninnaji'nin baş rahibi olarak hizmet etti ve tapınak Omuro İmparatorluk Sarayı olarak da biliniyordu.
Kyoto'yu tarihi boyunca tahrip eden birçok savaş ve yangın nedeniyle, 9.yüzyılda tapınağın kuruluşundan gelen binaların hiçbiri hala hayatta kalmadı. En eski binalar, ana salon (Kondo), Kannon salonu, Niomon ön kapısı, Chumon iç Kapısı ve beş katlı pagoda dahil olmak üzere 1600'lerin başında Edo döneminin başlangıcına kadar uzanmaktadır.
