Svetega Petra je v poznem 7.stoletju ustanovil Amandus, misijonar, ki so ga frankovski kralji poslali Pokristjanjevati poganske prebivalce regije, ki so na tem območju ustanovili dva samostana, svetega Bava in svetega Petra na Blandijnbergu. Pozimi 879-80 so opatijo napadli in oropali Normani in je ostala razmeroma revna do 10.stoletja, ko so jo donacije premoženja in relikvij grofa Arnulfa I. znatno obogatile, prav tako pa tudi nadaljnje donacije Arnulfovega bratranca kralja Edgarja angleškega. V drugi polovici stoletja je bila najbogatejša opatija v Flandriji, ugled opatijske šole pa se je razširil daleč zunaj mesta.
Leta 984 je Gerbert iz Aurillaca, direktor katedralne šole v Reimsu (kasneje papež Silvester II) vprašal, ali je mogoče študente iz Reimsa sprejeti v St.Peter ' s, njegov sloves kot središče artes liberales pa se je nadaljeval tudi v 11. stoletju. Sveti Peter je s svojim lastništvom na velikih zemljiščih v 12.in 13. stoletju igral tudi pionirsko vlogo pri gojenju in preoblikoval gozdove, barja in močvirja v kmetijska zemljišča. V 15.stoletju je obsežen gradbeni program ustvaril opatijsko knjižnico in skriptorij, razširil jedilnico, opatijska cerkev in druge zgradbe pa so bile precej polepšane.
Prvi propad svetega Petra se je začel po upor v Gentu leta 1539, do 1560-ih pa so bile nizke dežele pahnjene v versko krizo, ki je povzročila napad ikonoklasti leta 1566, v katerem je bila opatijska cerkev razbita, knjižnica izropana in druge stavbe močno poškodovane. Ambulanta je bila pritisnjena v službo kot začasni dom za menihe, jedilnica pa kot bogoslužje. Vendar se je nasprotovanje nadaljevalo in leta 1578 so bili opat in menihi prisiljeni pobegniti v Douai. Stavbe opatije so bile prodane na javni dražbi in delno porušene, materiali pa so bili uporabljeni za gradnjo mestnega obzidja. Opatija se je končno vrnila v roke cerkve leta 1584 in je bila sčasoma obnovljena z novo opatijsko cerkvijo, ki se je začela leta 1629 v baročnem slogu, pa tudi z več drugimi novogradnjami in prenovami. V 18.stoletju je Opatija ponovno cvetela, saj so bile zgrajene nove stavbe, starejše pa razširjene, vključno s pretvorbo starega študentskega doma v knjižnico z več kot deset tisoč knjigami.
Vendar konec ni bil daleč, najprej z Brabantsko revolucijo 1789-90, nato francosko invazijo 1793. Nazadnje je 1.Septembra 1796 imenik ukinil vse verske ustanove. Leta 1798 je bila knjižnica izpraznjena in sčasoma odpeljana na Univerzo v Gentu. Od leta 1798 je bila opatijska cerkev uporabljena kot muzej, vendar je bila leta 1801 vrnjena v last cerkve. Leta 1810 je preostali del opatije postal last mesta Gent in je bil delno porušen zaradi gradnje vojašnice, ki je na tem mestu ostala do leta 1948.
Okoli leta 1950 je mesto začelo program obnove, ki še vedno traja, ki se je začel s križnim hodnikom in kapiteljsko hišo, nato zahodnim krilom, vključno s staro jedilnico in kuhinjami. Dela na vinskih kleteh in podstrešjih so bila končana v 1970-ih, leta 1982 pa na opatijskih vrtovih, leta 1986 pa na terasi. V 1990-ih se je začela obnova trpezarijskega krila.
Opatija se zdaj uporablja kot muzejsko in razstavno središče, na katerem je bila leta 2000 velika razstava v okviru leta cesarja Karla, oktobra 2001 pa je bilo 88.zasedanje Evropskega sveta.
