Svatý Petr byl založen na konci 7. století Amandem, misionářem vyslaným franskými králi, aby Christianizoval pohanské obyvatele regionu, který založil dva kláštery v této oblasti, Svatý Bavo, a Svatý Petr na blandijnbergu. Během zimy 879-80 bylo opatství vypleněno a vypleněno Normany a zůstalo relativně chudé až do 10. století, kdy dary majetku a relikvií hraběte Arnulfa I. značně obohatily, stejně jako další dary arnulfova bratrance krále Edgara Anglie. Ve druhé polovině století to bylo nejbohatší opatství ve Flandrech, a pověst Opatské školy sahala daleko za město.
V roce 984 se Gerbert z Aurillacu, ředitel katedrální školy v Remeši, (později papež Sylvester II) zeptal, zda by studenti z Remeše mohli být přijati do St. Peter ' s, a jeho proslulost jako centrum artes liberales pokračovala až do 11.století. Svatý Petr, prostřednictvím svého vlastnictví velkých ploch půdy, také hrál průkopnickou roli v pěstování během 12. a 13. století, přeměna lesů, rašeliniště a bažiny na zemědělskou půdu. V 15. století vytvořil rozsáhlý stavební program opatskou knihovnu a scriptorium, rozšířil refektář, a Opatský kostel a další budovy byly značně zkrášleny.
První pokles svatého Petra začal po vzpouře Gentu v roce 1539 a do 60. let 20. století byly nízké země ponořeny do náboženské krize, která vyústila v útok ikonoklastů v roce 1566, kdy byl klášter zničen, knihovna vypleněna a další budovy těžce poškozeny. Ošetřovna byla tlačena do služby jako dočasný domov pro mnichy a refektář sloužil jako místo uctívání. Opozice však pokračovala a v roce 1578 byli opat a mniši nuceni uprchnout do Douai. Budovy opatství byly prodány ve veřejné dražbě a byly částečně zbořeny, materiály používané k výstavbě městských hradeb. Opatství se nakonec vrátilo do rukou kostela v roce 1584 a bylo nakonec přestavěno s novým opatským kostelem, který byl zahájen v roce 1629, v barokním stylu, stejně jako několik dalších novostaveb a rekonstrukcí. Během 18. století, opatství opět vzkvétalo, jak byly postaveny nové budovy a zvětšeny starší, včetně přeměny staré koleje na knihovnu s více než deseti tisíci knih.
Konec však nebyl daleko, nejprve s Brabantskou revolucí v letech 1789-90, poté francouzskou invazí v roce 1793. Nakonec 1. září 1796 adresář zrušil všechny náboženské instituce. V roce 1798 byla knihovna vyprázdněna a nakonec převezena na univerzitu v Gentu. Od roku 1798 byl Opatský kostel využíván jako muzeum, ale v roce 1801 byl vrácen do vlastnictví kostela. V roce 1810 se zbytek opatství stal majetkem města Gent a byl částečně zbořen kvůli výstavbě vojenských kasáren, které na místě zůstaly až do roku 1948.
Kolem roku 1950 město zahájilo program obnovy, který stále pokračuje, který začal s klášterem a kapitulním domem, pak západním křídlem, včetně Starého refektáře a kuchyní. Práce na vinných sklepech a půdách byly dokončeny v 70. letech a v roce 1982 byly dokončeny práce na opatských zahradách a v roce 1986 na terase. V 90. letech začala obnova refektářského křídla.
Opatství je nyní využíváno jako muzeum a výstavní centrum, které v roce 2000 uspořádalo významnou výstavu v rámci Roku císaře Karla a v říjnu 2001 hostilo 88. zasedání Evropské rady.
