Katedralin zemin mozaiği, ana nefin tüm uzunluğu boyunca uzanan önemli bir boyuttadır ve yerel kireçtaşı bileşimli yaklaşık 600.000 polikrom tesseradan oluşmaktadır. Hayat Ağacı'nı tasvir eden bu eser 1163 yılında Piskopos Gionata tarafından yaptırılmış ve Otranto'daki S. Nicola di Casale Manastırı'ndan keşiş Pantaleone tarafından 1165 yılında tamamlanmıştır.Mozaiğin ilk özelliği, ana girişe uygun olarak üzerine yazarının adının kazınmış olmasıdır; bu, en azından o dönem için alışılmadık bir durumdur ve muhtemelen eserin görkemli başarısı için sanatçıya teşekkür etme ayrıcalığından kaynaklanmaktadır.Daha önce de belirtildiği gibi, çoğu uzmanın bu temsile verdiği anlam Hayat Ağacı'dır, ancak tartışmalı teoriler vardır ve tüm düşünce ekollerini tatmin edecek bir sonuca ulaşılamamıştır, bu da eseri çevreleyen bir gizem perdesi bırakmaktadır.Ancak açık olan bir şey varsa o da, girişten papaz odasına kadar uzanan ağacın etrafında, insanın günahların üstesinden gelmek ve ebedi kurtuluşa ulaşmak için kat ettiği çileli yolu simgeleyen Eski Ahit'ten çok sayıda sahnenin yer aldığıdır: Adem ve Havva'nın başından geçenler, Kabil, Habil, Cehennem ve Cennet kavramları. Kral Arthur ve Büyük İskender gibi mitolojik ve tarihi referanslar da eksik değildir. Ayrıca, dairesel bir bölümün ayrıldığı yılın on iki ayının tasviri ve ilgili mevsimsel işlerin temsili de çok çarpıcıdır.Mevcut unsur ve sembollerin zenginliği ve çeşitliliği, Otranto'nun her zaman kültürler, halklar ve farklı sanatsal ve kültürel akımlar arasında bir buluşma noktasını temsil ettiğinin bir başka kanıtıdır. Kentin sahip olduğu coğrafi konum, Batı ile Doğu arasındaki karşılaşma ve alışverişi kolaylaştırmış, çoğu zaman da kendi kültürlerini dayatan saldırı ve istilalara maruz kalmasına neden olmuştur. Binlerce yıllık tarihin ardından geriye kalan, Otranto'nun hazinelerini sanatsal açıdan da zenginleştiren bir dizi hazine, iz, farklı halkların geçişinin işaretleridir.
