Sa loob ng Citadel maaari mo ring bisitahin ang Harem Palace ni Muhammad Ali. Ang Museo ng Palasyo ni Prinsipe Muhammad Ali sa Manial ay isa sa pinakamaganda at mahalagang makasaysayang museo sa Egypt. Ang museo ay nagpapakita ng isang mahalagang panahon sa kasaysayan ng modernong Egypt at nailalarawan sa pamamagitan ng disenyo ng arkitektura nito. Ang makabagong istilong Islam nito ay pinagsama sa mga elemento ng Persian at Mamluk. Ito ay inspirasyon din ng mga motif ng Syrian, Moroccan at Andalusian, pati na rin ang istilong Ottoman. Kaya ang gusali ay nagkakasundo sa pagitan ng maraming tradisyong arkitektura ng Islam.Ang palasyo ni Prinsipe Muhammad Ali Tawfik ay itinatag sa pagitan ng 1319- 1348 AH/ 1900-1929 AD at binubuo ng isang panlabas na pader na pumapalibot sa pasukan sa palasyo. Sa loob ng mga dingding ay ang lugar ng pagtanggap, ang tore ng orasan, ang Sabil, ang moske, ang museo ng pangangaso, ang tirahan, ang bulwagan ng trono, ang pribadong museo, at ang gintong bulwagan, bukod pa sa napakagandang hardin na nakapalibot sa palasyo.Ang Reception Palace ang unang makikita mo pagpasok mo sa palasyo. Ang mga engrandeng bulwagan nito na pinalamutian nang marangal ng mga tile, chandelier, at inukit na kisame ay idinisenyo para sa pagtanggap ng mga prestihiyosong panauhin, tulad ng sikat na Pranses na kompositor na si Camille Saint-Saëns na nagtanghal ng mga pribadong konsiyerto at gumawa ng ilan sa kanyang musika sa Palasyo, kabilang ang Piano Concerto no. 5 na pinamagatang “The Egyptian”. Ang Reception Hall ay naglalaman ng mga bihirang antigo, kabilang ang mga carpet, kasangkapan, at pinalamutian na mga Arab table. Sinasabing ang Prinsipe ay may isang pangkat na naatasang maghanap ng mga bihirang artifact at dalhin ang mga ito sa kanya upang ipakita ang mga ito sa kanyang palasyo at museo.Ang palasyo ay binubuo ng dalawang palapag. Ang una ay naglalaman ng silid ng karangalan upang tumanggap ng mga estadista at mga embahador, at ang bulwagan ng pagtanggap para sa mga matatandang mananamba upang maupo kasama ang Prinsipe bago ang mga panalangin sa Biyernes bawat linggo, at ang itaas ay may kasamang dalawang malalaking bulwagan, na ang isa ay idinisenyo sa istilong Moroccan, kung saan ang mga dingding nito ay natatakpan ng mga salamin at faience tile, habang ang kabilang bulwagan ay idinisenyo sa istilong Levantine, kung saan ang mga dingding ay natatakpan ng kahoy na may makulay na geometriko at mabulaklak na mga motif na may mga Quranikong sulatin at mga taludtod ng tula.Ang Residential Palace ay parehong kahanga-hanga, at isa sa mga pinaka-katangi-tanging piraso doon ay isang kama na gawa sa 850 Kgs ng purong pilak na pag-aari ng ina ng Prinsipe. Ito ang pangunahing palasyo at ang unang gusaling itinayo. Binubuo ito ng dalawang palapag na konektado ng hagdan. Kasama sa unang palapag ang fountain foyer, ang haramlik, ang mirror room, ang asul na salon room, ang seashell salon room, ang Shekma, ang dining room, ang fireplace room, at ang opisina at library ng Prince. Ang pinaka-kagiliw-giliw na silid ay marahil ang Blue Salon na may mga leather na sofa na nakadikit sa mga dingding na pinalamutian ng mga asul na faience tile at Orientalist oil painting.Pagkatapos nito, nandoon ang Throne Palace na napakaganda pagmasdan. Binubuo ito ng dalawang palapag, ang ibaba ay tinatawag na Throne Hall, ang kisame nito ay natatakpan ng sun disk na may mga gintong sinag na umaabot sa apat na sulok ng silid. Ang sofa at mga upuan ay natatakpan ng velor, at ang silid ay may linya ng malalaking larawan ng ilan sa mga pinuno ng Egypt mula sa pamilya ni Mohamed Ali, gayundin ng mga kuwadro na gawa ng mga landscape mula sa paligid ng Egypt. Dito tinanggap ng Prinsipe ang kanyang mga bisita sa ilang mga okasyon, tulad ng mga pista opisyal. Ang itaas na palapag ay binubuo ng dalawang bulwagan para sa panahon ng taglamig, at isang bihirang silid na tinatawag na Aubusson Chamber dahil ang lahat ng dingding nito ay natatakpan ng texture ng French Aubusson. Ito ay nakatuon sa koleksyon ni Ilhami Pasha, ang lolo sa ina ni Prinsipe Mohamed Ali.Ang isa pang mahusay na silid ay ang Golden Hall, na pinangalanan sa gayon dahil ang mga dekorasyon ng lahat ng mga dingding at kisame nito ay ginto, na ginamit para sa mga opisyal na pagdiriwang, sa kabila ng pagiging walang mga antigo. Marahil ito ay ipinaliwanag sa pamamagitan ng katotohanan na ang mga dingding at kisame nito ay natatakpan ng mga inukit na ginintuan na floral at geometric na mga motif. Inilipat talaga ni Prinsipe Mohamed Ali ang bulwagan na ito mula sa bahay ng kanyang lolo, si Ilhami Pasha, na orihinal na nagtayo nito upang tanggapin si Sultan Abdul Majid I, na dumalo upang parangalan si Ilhami Pasha sa okasyon ng kanyang tagumpay laban sa Imperyo ng Russia sa Digmaang Crimean.Ang moske na nakakabit sa Palasyo ay may rococo-inspired na kisame at isang mihrab (niche) na pinalamutian ng asul na ceramic tile, at sa kanan, mayroong isang maliit na minbar (pulpit) na pinalamutian ng ginintuan na mga palamuti. Ang ceramic na gawa ay nilikha ng Armenian ceramist na si David Ohannessian, na nagmula sa Kutahya. Ang mosque ay may dalawang iwan, ang eastern iwan ceiling ay nasa anyong maliliit na dilaw na glass domes, habang ang western iwan ay pinalamutian ng mga palamuti ng sunbeam.Matatagpuan ang Clock Tower sa loob ng Palasyo sa pagitan ng Reception Hall at ng Mosque. Pinagsasama nito ang mga istilo ng Andalusian at Moroccan tower na ginamit upang obserbahan at magpadala ng mga mensahe sa pamamagitan ng apoy sa gabi at usok sa araw, at kalakip dito ay isang orasan na nakalagay sa itaas at ang mga kamay nito ay nasa anyo ng dalawang ahas. Ang ibaba ng tore ay nagtatampok ng mga banal na kasulatan ng Quran tulad ng maraming iba pang bahagi ng Palasyo.Ang disenyo ng Palasyo ay isinasama ang European Art Nouveau at Rococo sa mga tradisyonal na istilo ng arkitektura ng Islam, tulad ng Mamluk, Ottoman, Moroccan, Andalusian, at Persian.Sa panahon ng hari, si Prinsipe Mohamed Ali ay nagdaos ng maraming partido at pagpupulong doon para sa mga nangungunang pasha at ministro, dignitaryo, manunulat, at mamamahayag. Hiniling ng Prinsipe na gawing museo ang Palasyo pagkatapos ng kanyang kamatayan.Matapos ang rebolusyon ng 1952, ang mga ari-arian ng mga inapo ni Mohamed Ali Pasha ay kinuha, at ang palasyo ay ginawang museo at sa wakas ay pinahintulutan ang publiko na makita mismo ang kadakilaan kung saan nakatira ang mga maharlikang pamilya.