All'interno della Cittadella è possibile visitare anche il Palazzo Harem di Muhammad Ali. Il Museo del Palazzo del Principe Muhammad Ali a Manial è uno dei più belli e importanti musei storici dell'Egitto. Il museo espone un periodo importante della storia dell'Egitto moderno e si caratterizza per il suo design architettonico. Il suo stile islamico moderno si fonde con elementi persiani e mamelucchi. Si ispira anche a motivi siriani, marocchini e andalusi, oltre che allo stile ottomano. L'edificio si armonizza così tra diverse tradizioni architettoniche islamiche.
Il palazzo del principe Muhammad Ali Tawfik fu costruito tra il 1319 e il 1348 AH/ 1900-1929 d.C. ed è costituito da un muro esterno che circonda l'ingresso del palazzo. All'interno delle mura si trovano la reception, la torre dell'orologio, il Sabil, la moschea, il museo della caccia, gli alloggi, la sala del trono, il museo privato e la sala d'oro, oltre al meraviglioso giardino che circonda il palazzo. Il Palazzo dei Ricevimenti è la prima cosa che si vede entrando nel palazzo. Le sue grandiose sale, decorate con piastrelle, lampadari e soffitti intagliati, erano destinate a ricevere ospiti prestigiosi, come il famoso compositore francese Camille Saint-Saëns, che vi tenne concerti privati e compose alcune delle sue musiche, tra cui il Concerto per pianoforte e orchestra n. 5 intitolato "L'Egizio". 5 intitolato "L'Egiziano". La Sala dei Ricevimenti contiene rari oggetti d'antiquariato, tra cui tappeti, mobili e tavoli arabi decorati. Si dice che il Principe avesse una squadra incaricata di cercare manufatti rari e di portarglieli per esporli nel suo palazzo e nel suo museo.
Il palazzo è composto da due piani. Il primo contiene la sala d'onore per ricevere gli uomini di Stato e gli ambasciatori e la sala di ricevimento per i fedeli anziani che siedono con il Principe prima della preghiera del venerdì ogni settimana; il piano superiore comprende due grandi sale, una delle quali è stata progettata in stile marocchino, con le pareti ricoperte di specchi e piastrelle di maiolica, mentre l'altra sala è stata progettata in stile levantino, con le pareti ricoperte di legno con motivi geometrici e floreali colorati con scritte coraniche e versi di poesia.
Il Palazzo Residenziale è altrettanto imponente, e uno dei pezzi più pregiati è un letto fatto di 850 chili di argento puro, appartenuto alla madre del Principe. Questo è il palazzo principale e il primo edificio costruito. È composto da due piani collegati da una scala. Il primo piano comprende il foyer della fontana, l'haramlik, la sala degli specchi, il salone blu, il salone delle conchiglie, la Shekma, la sala da pranzo, la sala del camino, l'ufficio e la biblioteca del Principe. La sala più interessante è forse il Salone blu, con i suoi divani in pelle appoggiati alle pareti decorate con piastrelle di maiolica blu e dipinti a olio orientalisti.
Poi c'è il Palazzo del Trono, che è davvero stupefacente da vedere. È composto da due piani, il più basso è chiamato Sala del Trono, il cui soffitto è ricoperto da un disco solare con raggi dorati che raggiungono i quattro angoli della stanza. I divani e le sedie sono rivestiti di velluto e la sala è tappezzata di grandi immagini di alcuni sovrani egiziani della famiglia di Mohamed Ali, oltre che di dipinti di paesaggi egiziani. È qui che il Principe riceveva i suoi ospiti in determinate occasioni, come le feste. Il piano superiore è composto da due sale per la stagione invernale e da una rara stanza chiamata Camera Aubusson perché tutte le sue pareti sono ricoperte dalla trama dell'Aubusson francese. È dedicata alla collezione di Ilhami Pasha, nonno materno del principe Mohamed Ali.
Un'altra grande sala è la Sala d'Oro, così chiamata perché le decorazioni di tutte le sue pareti e del soffitto sono in oro, che veniva utilizzata per le celebrazioni ufficiali, pur essendo priva di oggetti d'antiquariato. Forse questo si spiega con il fatto che le pareti e il soffitto sono ricoperti di motivi floreali e geometrici intagliati e dorati. Il principe Mohamed Ali ha effettivamente spostato questa sala dalla casa di suo nonno, Ilhami Pasha, che l'aveva originariamente costruita per ricevere il sultano Abdul Majid I, intervenuto per onorare Ilhami Pasha in occasione della sua vittoria contro l'Impero russo nella guerra di Crimea.
La moschea annessa al palazzo ha un soffitto ispirato al rococò e un mihrab (nicchia) decorato con piastrelle di ceramica blu, mentre a destra si trova un piccolo minbar (pulpito) decorato con ornamenti dorati. Le ceramiche sono state realizzate dal ceramista armeno David Ohannessian, originario di Kutahya. La moschea ha due iwan: il soffitto dell'iwan orientale ha la forma di piccole cupole di vetro giallo, mentre quello dell'iwan occidentale è decorato con raggi di sole.
La Torre dell'Orologio si trova all'interno del Palazzo, tra la Sala dei Ricevimenti e la Moschea. Integra gli stili delle torri andaluse e marocchine che venivano utilizzate per osservare e inviare messaggi tramite il fuoco di notte e il fumo di giorno; ad essa è collegato un orologio posto in alto e le cui lancette hanno la forma di due serpenti. La parte inferiore della torre presenta scritture coraniche, come molte altre parti del Palazzo.
Il design del Palazzo integra l'Art Nouveau e il Rococò europei con gli stili architettonici islamici tradizionali, come quello mamelucco, ottomano, marocchino, andaluso e persiano. Durante l'era reale, il principe Mohamed Ali vi tenne molte feste e riunioni per i principali pascià e ministri del Paese, dignitari, scrittori e giornalisti. Il Principe chiese che il Palazzo fosse trasformato in un museo dopo la sua morte.
Dopo la rivoluzione del 1952, le proprietà dei discendenti di Mohamed Ali Pasha furono confiscate e il palazzo fu trasformato in un museo, consentendo al pubblico di vedere di persona la grandezza in cui vivevano le famiglie reali.