På det sted, hvor Sankt Peter siges at være blevet korsfæstet, nævnes eksistensen af et kloster allerede i første halvdel af det niende århundrede. I 1472 blev de fuldstændig forfaldne bygninger restaureret, klosteret udvidet og den gamle kirke revet ned. Projektet med det nye tilskrives af nogle til Baccio Pontelli, af andre til Meo del Caprino. I 1876 blev klosteret afgivet af Savoystaten til Spanien, som det stadig tilhører, og fra dette bestemt til sæde for Royal Academy of Spain i Rom. Kirken er udsmykket med kunstneriske mesterværker fra centuriesvi og .vii århundreder. Det første kapel på højre indeholder Flagellation og Forklarelse af Sebastiano del Piombo; den anden har en udendørs tilskrives Pomarancio, nogle kalkmalerier af skolen af Pinturicchio, og en vølve allegoriske tilskrives Baldassarre Peruzzi. Kapellet på bjerget og det forrige indeholder fresker af Giorgio Vasari. Alteret er tilskrevet Giulio Mazzoni, mens gravmonumenter af Kardinal Del Monte og Roberto Nobili er af Bartolomeo Ammannati. I klostrets første gårdsplads er der det såkaldte tempel Bramante, der går tilbage til det tidlige sekstende århundrede og betragtes af kritikere som et af de mest betydningsfulde eksempler på renæssancearkitektur. Det er et lille festligt monument, forhøjet og peripterøst, dedikeret til St. Peters martyrdom. Templet har en cylindrisk krop udskåret af lynnicher og omgivet af en toscansk kolonnade.
